第壹，舉報。比如消費者在外就餐，向商家索要發票，商家卻以各種理由不開具。消費者向當地稅務機關舉報，稅務機關懷疑企業可能在稅收上有文章；另外，財務部在公司有不愉快的經歷，離職後舉報公司偷稅漏稅；此外，競爭對手甚至合作夥伴只要發現任何騙稅線索，都會向稅務局舉報。競爭對手報告等。，大家都知道，不用多說，這個主要是針對中小企業的。
第二，檢查上下遊企業，找出問題。比如，目前稅務局正在下大力氣查殺虛開增值稅專用發票的企業，甚至可以查到收款方。無論是不知情還是能接受假發票，都存在假抵扣的風險，此時就成了稅務機關的重點檢查對象；此外，稅務機關在檢查生產企業偷稅漏稅證據時，與之相關聯的公司，如原料供應商、銷售對象等，都會成為檢查取證的對象，間接接受稅務機關的檢查。
第三，系統比較。這是稅務局目前最常用的方法。比如去年全國各地稅務機關投入使用的金稅三期系統，以及各地稅務機關根據當地稅務情況自行開發的信息系統，會根據企業的各種報表信息，分析稅務疑點，涉及系統中上百個風險點，壹旦分析出企業稅務存在疑點，會給出預警。比如壹個工業企業的水電費用常年居高不下，但利潤表卻顯示連續虧損，系統會提醒稅務部門去查，因為正常企業虧損，工廠就會減產甚至不供，不可能常年繳納高額的水電費用。