壹是可實現脂肪和蛋白質的均質化，使不易消化和吸收的大顆粒脂肪和蛋白變成可通透腸粘膜的微細顆粒，從而被人體消化和吸收。
二是可實現脂肪和蛋白質含量的標準化，自動控制系統可以將國家標準規定的脂肪和蛋白質含量輸入電腦，通過自動添加系統保證產品的成分完全符合標準值，徹底消除人為因素對產品質量的影響。
三是殺菌系統完全采用全自動控制，程序設定好之後是不能人為改變的，殺菌溫度自動檢測和補償，從而確保了殺菌效果的萬無壹失。
四是所有工廠均采用全自動控制就地清洗系統，設備和管線的清洗是按預先設定好的程序自動完成，從清洗時間到清洗液的溫度、從清洗液的濃度控制到自動添加、從清洗液的流量和流速到清洗液的噴射沖刷力都是電子計算機控制完成，杜絕了由清洗不到位對產品衛生質量和飲用安全造成的影響。
五是實現了全系統密閉生產，從生鮮牛奶進入奶倉開始直至包裝成各種產品，牛奶不與外界環境接觸，均在不銹鋼容器和管道中進行，避免了環境對產品質量的影響。
另外，1999年，三元公司在同類企業中率先通過ISO9001質量體系認證，從采購、生產、銷售、服務、培訓各個環節建立起了完整的管理體系，並於 2000年國內首批通過2000版審核的企業，將2000版的“以顧客為中心”的理念貫穿到了管理的各個環節。
三元公司有了世界先進的乳品加工設備和完整的管理體系，為三元的產品質量打下了堅實的基礎。三元公司為了保證和提高產品質量，制定了完整的質量管理體系，從原料的來源做起，嚴把原料奶的質量關，控制生產過程，嚴格產品出廠檢驗，銷售環節冷鏈控制，保證把健康、新鮮、優質的產品奉獻給廣大的消費者。