除非寶寶免疫力特別低，高燒持續，毒素旺盛，否則很容易引起全身性敗血癥。毒素隨血液進入大腦引起腦炎，所以如果只是發燒，精神狀態好的時候不會引起腦炎。
寶寶發燒的治療，大多是細菌或病毒引起的上呼吸道感染癥狀。可以多喝水，註意休息，補充維生素C和水分，盡量避免去人多的地方，防止交叉感染。可口服小兒撲熱息痛、小兒氨酚烷胺顆粒等抗感染藥物，治療和緩解普通感冒和流感引起的發熱癥狀。
可與中成藥結合使用，如蒲地藍消炎口服液、秦嵐口服液等清熱解毒抗病毒藥物。如果孩子體溫超過38.5℃，可以口服布洛芬混懸液滴劑，適用於嬰幼兒退熱，可以起到快速退熱的作用；中成藥可以口服，如小兒牛黃清心散、羚羊角顆粒等，不僅可以幫助退燒，還可以預防高熱引起的抽搐、抽搐。可以用小兒推拿、小兒退熱貼等輔助治療。
小兒腦炎的治療根據小兒腦炎的病因不同而不同。壹般來說，如果是病毒性腦炎，首選的治療方法是抗病毒。同時需要配合免疫治療。
如有炎癥反應，顱內壓高，應使用脫水和降顱內壓藥物。如果腦水腫明顯，就需要腎上腺皮質激素。如果並發細菌感染，就要做藥敏試驗，根據藥敏試驗結果選擇敏感抗生素。如果是結核性的，就需要抗結核治療。如果檢測到新型隱球菌，就需要抗真菌治療。
同時需要對癥治療，如維持營養平衡、維持電解質平衡、保持呼吸道通暢等。如果患者同時出現驚厥和癲癇，則需要使用抗癲癇和抗驚厥藥物。如果病人高燒不退，就需要物理降溫。如果有顱內壓高的癥狀，需要使用甘露醇或甘油果糖脫水，降低顱內壓。