鐘南山院士長期從事呼吸疾病的臨床、教學和基礎研究，是10年來將我國呼吸疾病研究水平推向國際前沿的學術帶頭人。他通過“簡易氣道反應性試驗”和流行病學調查，首次證實並完善了“隱性哮喘”的概念，被聯合國衛生組織撰寫的《全球哮喘防治策略》采納。通過研究，系統分析了我國慢性咳嗽的病因譜，他闡明了胃食管反流性咳嗽的氣道神經炎癥機制。他的“運動膈肌功能試驗”首次證明了60%的慢阻肺患者存在蛋白質-能量營養不良，並制定了壹個修正公式來補充他們的基礎能量消耗。至今主持國家“973工程”(首席科學家)、“863計劃”、“十五計劃”、國際合作等重大科研項目10余項。在國內權威雜誌發表論文200余篇；在國外學術期刊發表SCI論文50余篇，包括《《自然醫學》》、《柳葉刀》等國際權威刊物，被引用438次。獲國家科技進步二等獎、三等獎，廣東省科技進步特等獎、壹等獎，何李獎，吳洋特別貢獻獎等20余項大獎。
鐘南山院士致力於醫學教育。1992-2002年任廣州醫學院黨委書記、院長，從醫近50年。他在教育教學壹線辛勤工作，堅持為本科生授課，定期為實習生舉辦臨床講座，堅持每周壹次全院臨床教學查房，將“教書育人”融入教育教學全過程，形成了“敬業、開拓、科研、合群”的“南山風格”。在教學實踐中，他提出要註重培養學生的五種品質，即學習的自主性、工作的創造性、對病人的責任心、對集體的合群性和對社會的適應性。在教學過程中，要註意引領新的學術潮流，跟蹤學科前沿，開展教學改革研究，並將研究成果應用於教學。至今主持各級教研項目4項，發表教研論文10篇，出版專著和教材12部；培養研究生31人，博士生30人，博士後4人。其中2人獲廣東省南粵優秀研究生稱號。很多研究生畢業後都成為了各自單位的技術骨幹和學科帶頭人。
作為中國知識分子的傑出代表，鐘南山院士堅定地站在維護大眾利益的立場上。他以壹個知識分子應有的良知和勇氣，堅持真理，敢於質疑和發問，發出不同的聲音，提出不同的判斷。比如在非典初期，他堅持實事求是的精神，以非凡的勇氣質疑權威機構發布的虛假消息，維護了科學的尊嚴，贏得了國人的尊重。在抗擊非典疫情中，鐘南山院士帶領團隊身先士卒，主動要求救治非典重癥患者，積極倡導國際合作，組織廣東省非典防治研究，創造了“合理使用皮質類固醇、合理使用無創通氣、合理處理並發癥”救治非典重癥患者的方法，取得了96.2%的國際最高生存率。他實事求是的科學精神，臨危不懼的英雄氣概，視病人如親人如大醫的情懷，被世人稱道，被譽為“反非英雄”。
鐘南山院士1990獲全國衛生系統優秀留學回國人員；1992獲得全國衛生系統勞動模範稱號；1993被廣東省人民政府授予；1995被評為全國先進工作者，榮獲全國五壹勞動獎章；1997當選中共十五大代表；連任第八屆、第九屆、第十屆政協委員。2003年，因抗擊非典工作成績突出，被廣東省人民政府和廣州市人民政府授予“抗非英雄”稱號。再次獲得全國五壹勞動獎章，被中央電視臺選為中國十大風雲人物。同年獲得“中華醫學基金會華源醫德獎”。2004年獲得全國衛生系統最高行政獎白求恩獎章。2007年獲全國道德模範獎。2008年當選第十壹屆全國人民代表大會代表。2009年入選中國高校名師；入選“新中國成立60年來感動中國的100人”。2010獲得南粵功勛團隊獎。