壹般情況下，不會有後遺癥。事實上，噬血細胞綜合征並不是壹種特定的疾病。主要原因是身體的免疫器官有問題。在這種情況下，噬血細胞綜合征可能出現在細胞運行的過程中，也就是說噬血細胞綜合征更像是壹種並發癥。如果能盡早發現噬血細胞綜合征，治療期間不會有後遺癥，完全可以康復。當然，有些患者在治療過程中會出現治療困難，還有可能復發。但只要治好了，其實身體也有很好的調整。而且噬血細胞綜合征主要是機體感染引起的，如果能及時進行抗感染治療，可以很好的緩解。很多時候還是受原發病的影響，所以如果能治好原發病，噬血細胞綜合征的癥狀就會減輕。
噬血細胞綜合征的治療如果病情不是特別復雜，可以通過藥物治療治愈。然而，有些人患有原發性噬血細胞綜合征。在這種情況下，他們中的大多數需要幹細胞移植來獲得治療。通常需要用父母兄弟的骨髓來配型，所以根據自己的癥狀來治療是相對必要的。此外，成人和兒童的情況應區別對待。壹般情況下，孩子可以等壹會兒再觀察。然而，如果成年人情況緊急，他們應該盡快進行移植。