1.急性期
(1)維持水、電解質、酸堿平衡和營養。
(2)針對厭氧菌和需氧菌選擇抗生素，預防感染。當患者出現持續發熱時，應及時做b超或CT檢查，早期發現腹腔膿腫，並有效處理。
(3)控制腹瀉禁食和腸外營養可抑制胃腸道蠕動和分泌，延緩胃腸道排空，減輕腹瀉程度。如果腹瀉難以控制，可以皮下註射生長抑素和合成類似物。
2.適應期
殘腸開始出現代償性變化，腹瀉次數趨於減少。在保證營養攝入充足的前提下，應逐步采用腸內營養代替靜脈營養，防止小腸黏膜刷狀緣酶活性降低。應盡快恢復口服餵養。在此期間，還應註意補充脂溶性維生素、維生素B12、鈣、鎂、鐵和礦物質藥物制劑。
同時要特別註意腸外營養引起的並發癥，如敗血癥、肝病、腸道細菌過度生長等。
3.保養周期
這個階段殘余小腸的功能已經得到最大程度的代償，通常能夠耐受口服飲食，不需要限制脂肪，不需要進行固液分離。但仍有30%的患者在此期間存在吸收不良，需要定期測定維生素、礦物質和微量元素的血漿濃度，並補充治療。如果非手術治療不能有效治療短腸綜合征，應考慮手術治療。
(2)手術治療
手術治療的目的是通過增加腸道吸收面積或減慢腸道轉運時間(延緩食糜排空)來增加小腸的吸收能力。
1.減緩腸道運輸的手術方法
(1)腸段倒置:將壹段小腸倒置吻合，使倒置的腸段呈逆向蠕動，可減緩腸道運輸，改變肌電活動，有利於營養物質的吸收。
(2)結腸間置術利用結腸蠕動緩慢，對腸道蠕動影響較小的特點，將結腸置於空腸或回腸之間，以延長腸道運輸時間。
(3)廣泛切除小腸和回盲部的小腸瓣或括約肌重建術預後極差。這種手術主要是為這種情況設計的。
2.增加腸表面積的手術方法
小腸收縮延長術:將壹段小腸沿長軸壹分為二，註意將腸系膜血管分開以維持其血供，並縫合成兩根細腸管，直徑為原腸管長度的壹半。這種手術方法適用於腸管擴張的患者，尤其是兒童，但存在吻合口處多發粘連、狹窄等潛在並發癥。
3.小腸移植
是治療短腸綜合征最理想、最有效的方法，適用於需要永久依賴TPN的患者。但由於死亡率高和排斥等並發癥，不能在臨床上廣泛開展。