(1)質子泵抑制劑(PPIs)是內科治療的首選，用量要大，如奧美拉唑、泮托拉唑、雷貝拉唑、埃索美拉唑等。癥狀控制後，維持小劑量治療。有證據表明PPIs在長期治療後可以縮短Barrett黏膜的長度，部分BE黏膜被鱗狀上皮覆蓋，提示PPIs可以部分逆轉BE，但很難達到完全逆轉。PPIs治療還可以使BE中的腸上皮化生和異型增生消退，說明PPIs可以阻止BE的發展，增加鱗狀上皮逆轉的機會，降低惡變的風險。
(2)促動力藥(多潘立酮、伊托必利等)。)這些藥物可以減少胃食管反流，控制癥狀，但療程較長。例如多潘立酮和伊托必利，經常與PPIs同時使用以增加療效。
(3)其他黏膜保護劑也有壹定療效，可改善癥狀，尤其是與PPIs合用時。
2.內窺鏡治療
隨著內鏡治療技術的發展，近年來內鏡消融治療已經應用於臨床。EATs可分為三類:熱消融、化學消融和機械消融。熱消融包括多極電凝法(MPEC)、氬激光凝法(APC)和激光(KTP、YAG等。).化學消融主要是指光動力療法(PDT)，其基本原理是通過靜脈註射紫花地丁等光敏劑使其定位於食管的化生或異型增生或腺癌上皮，然後通過非熱的光化學反應使局部組織壞死。機械消融使用諸如抽吸和內窺鏡下切除的方法。目前，EATs加PPIs是治療BE和BE伴不典型增生的有效方法，可使BE上皮消失或逆轉為鱗狀上皮。療效可達70% ~ 100%，並發癥發生率低。但EATs使用時間不長，病例數少，隨訪時間短。其療效需要時間檢驗，能否降低上皮化生逆轉後腺癌的發生率需要進壹步評估。對食管明顯狹窄的患者可進行食管探條或球囊擴張，但療效短暫，可能需要多次擴張。
3.外科療法
手術指征是:
(1)伴有嚴重癥狀性反流，內科治療無效。
(2)食管狹窄經擴張治療無效。
(3)難治性潰瘍。
(4)嚴重異型增生或癌變。