論文的格式是由論文內容決定的，中醫論文壹般屬於自然科學論文的範疇。書寫格式應遵循國家和國際標準和規定。國家標準為GB7713—86-86《科技報告、學位論文和學術論文寫作格式》，國際標準為ISO8-1977《文獻工作-期刊格式》。作者要時刻關註相關期刊對中醫論文寫作格式的最新要求。根據現行相關標準，中醫論文寫作的基本格式應包括以下幾個部分:標題、摘要、引言、正文討論(臨床資料、材料和方法)、總結、致謝、參考文獻。
學位論文結構因學位層次和專業類型不同而略有不同。但基本結構是由標題、署名、目錄、摘要、關鍵詞、正文(引言、數據、結論)討論、致謝、參考文獻組成。學位論文屬於學術論文的範疇，具有學術論文的壹般特征。它是中醫論文的壹種重要文體，但也是壹種非常特殊的學術論文。其鮮明的個性特征如下:
1.單作者:學士學位論文由本科畢業生獨立完成，以此來考察申請人的知識基礎和實踐能力(碩士、博士學位論文為研究生，或無研究生學歷但在中醫藥研究方面有突出成就的同等學力者)。
2.不限篇幅:論文應表明作者掌握了紮實的基礎理論、系統的專業知識和相應的工作能力。論文要體現壹定的工作量，所以論文長度不限，但不能太短(5000-10000字)。
3.對於申請學位:學術論文是用來傳遞學術信息和進行學術交流的，多以公開發表或在會議上宣讀的形式出現。但是寫學位論文的目的是為了答辯，申請學位，或者向學位授予部門提交論文。
4.學位的考核依據:本科或研究生的學習成績主要體現在課程的學習情況和論文的寫作水平。為了全面評估學位申請者的學術水平，論文是反映其知識和能力的重要依據。通過考察論文質量和答辯結果，決定是否授予學位。