低危感染主要引起各種生殖器疣，如尖銳濕疣。對於小病竈，可采用冷凍、激光，或塗抹咪喹莫特乳膏、三氯乙酸溶液、鬼臼毒素軟膏等。其中，咪喹莫特乳膏是壹種免疫調節劑，可以激活細胞免疫，間接殺滅病毒，是目前國際上較為推崇的治療方法。
如果生殖器疣病竈體積比較大，單純藥物治療效果不好。壹般可先手術切除(可用電刀或冷刀)，再用藥物切除殘留病竈。
高危人乳頭瘤病毒感染的治療
高危病毒有癌基因E6和E7，可能會整合到人體細胞中致癌(當然這是少數感染者)。發現高危人乳頭瘤病毒感染後，需要通過TCT、陰道鏡、活檢等手段確認人體組織是否存在病變(各種癌前病變或癌癥)。在婦產科領域，外陰、陰道、宮頸都有可能感染人乳頭瘤病毒而引起癌前病變，尤其是宮頸。
如果組織活檢發現CIN1，那麽可以采用激光、微波等物理療法；如果病變進壹步升級為CIN2，那麽單純的物理治療是不夠的，需要進行環形電切術(LEEP手術，又稱唇刀)；病變進壹步進展到CIN3級，需要做宮頸錐切術，判斷是否有更嚴重的病變。外陰和陰道的癌性病變不如宮頸常見，通常采用手術切除治療。
過去，許多醫生使用幹擾素和中藥治療人乳頭瘤病毒病毒感染。在國際最新的治療指南中，幹擾素因其副作用多，臨床數據不足，不再作為推薦藥物。但對於中醫來說，缺乏真正有說服力的實驗數據。現在市面上還有壹些藥物宣稱“快速治愈人乳頭瘤病毒感染”，不可信！