目前還沒有有效的抗病毒藥物。現有的抗病毒藥物不僅效果不理想，而且副作用大，而且大多數呼吸道病毒感染是自限性的，所以使用現有的抗病毒藥物意義不大。建議使用利巴韋林治療嬰兒嚴重的呼吸道合胞病毒感染。利巴韋林是壹種合成核苷類抗病毒藥物，可有效對抗某些類型的病毒，如皰疹病毒、痘病毒、流感病毒、副流感病毒、鼻病毒、呼吸道合胞病毒和腸道病毒。其抗病毒機制尚不清楚。霧化吸入主要用於治療嬰兒嚴重的呼吸道合胞病毒感染。每天吸入12h，連續3天，可緩解癥狀，縮短排毒周期。動物實驗可導致畸形，孕婦禁用。呼吸道病毒感染除了臥床休息、發熱期多喝水等壹般治療外，主要是對癥治療:高熱可通過物理或藥物降溫，頭痛嚴重者可口服復方乙酰水楊酸(復方阿司匹林)。毛細支氣管炎、肺炎出現氣短、哮喘、紫紺時，應給予吸氧、解痙、排痰，保持氣道通暢，必要時進行氣管切開和人工輔助呼吸，合並心力衰竭者應給予強心劑。繼發細菌感染應及時給予有效的抗菌藥物。
(2)預後
預後總體良好。下呼吸道感染或繼發細菌感染更為嚴重。嬰幼兒、老年人或原有心肺疾病、免疫功能低下者預後較差。對於SARS患者，經綜合治療後大部分緩解或出院。少數患者會發展為ARDS(低於20%)並死亡。重癥患者的死亡率似乎與患者的基礎疾病有關。臨床發現，有糖尿病、冠心病等基礎疾病的傳染性非典型肺炎患者死亡率較高。對影響預後的因素進行單變量分析發現，年齡、男性和發病時中性粒細胞絕對計數低是嚴重疾病和死亡的預測因素。在多變量分析中，發現只有老年人(40歲以上的患者更容易發生嚴重疾病)和低絕對中性粒細胞計數是預後不良的預測因素。