口腔潰瘍的治療至少要持續兩三個月，以延長口腔潰瘍的間歇期，縮短其愈合期。因為潰瘍本身不治療七到十天就能愈合，如果局部用藥，愈合期可以縮短到三到五天。復發性口腔潰瘍的特點是自愈，無需治療即可自愈。
常用的局部治療原則有:
1，止痛劑
2.可用於促進愈合的藥物有養陰生肌散、潰瘍散、西瓜霜等。
3.可用於預防繼發感染的藥物包括口泰和利凡諾。
原料藥更容易在潰瘍面被吸收，而軟膏類藥物是油性的，因為油與水不相溶，所以不容易塗在創面上。貼片類藥物也容易粘在創面上，且含有少量麻藥，但部分患者要意識到可能對這些藥物過敏，選擇時要慎重。
系統療法的原則
1，精神心理調節:緩解緊張因素，規律睡眠；
2、免疫調節:在醫生指導下；
3、中藥:能滋陰清熱的口服中藥；
4、腸胃調理:先治療腸胃疾病，如果有便秘，先排便再治療口腔潰瘍；
5、內分泌調理:尤其是經常在月經前發病的患者，可以使用女性激素進行治療，但必須在醫生的指導下進行；
6、飲食調理:微量元素缺乏，高氧遊離機患者，少吃蔬菜水果的患者應補充維生素和微量元素。
口腔潰瘍的小療法
1.拿半個西瓜，榨果汁。汁液含在口中約2-3分鐘後，咽下去，重復幾次。
2.將蘋果切片，加入冷水，煮沸。稍微冷卻後，用酒含在嘴裏放幾天。
3.將壹盒六神丸碾成粉末，加入涼開水2 ml，浸泡成稀糊狀，然後用細長的棉簽敷在潰瘍面上。小潰瘍壹到兩天就能痊愈。
4.將白菜根60克用水煎服，每日2次。
5、雞蛋調成糊狀，綠豆用冷水浸泡，煮沸後用雞蛋花洗凈，早晚各喝壹次，可加快潰瘍面愈合。
6.口腔潰瘍期間，每天早晚各吃壹次維生素C片。
7.口腔潰瘍期間，每日服用六味地黃丸2-3次，每次6-8g。
8.用無菌棉簽將蜂蜜塗在潰瘍表面。15分鐘後，蜂蜜和水壹起喝，緩解疼痛。