藥食不相容是古代人的經驗總結，後人也經常沿用。雖然其中壹些禁忌還有待科學證明，但在得出結論之前，我們應該參考傳統說法，謹慎使用。壹般來說，止汗藥忌寒，脾胃藥忌膩，消腫理氣藥忌豆，止咳平喘藥忌腥，止瀉藥忌瓜果。這些禁忌主要包括:豬肉防烏梅、桔梗、黃連、芫荽黃、百合、蒼術；羊肉忌半夏和菖蒲，忌銅和朱砂；狗肉忌商陸，忌杏仁；鯽魚忌厚樸，忌麥冬；豬血忌地黃、何首烏。豬心忌吳茱萸；鯉魚忌朱砂；麻雀肉忌白術、李子；洋蔥忌常山、地黃、何首烏、蜂蜜；大蒜忌地黃、何首烏。蘿蔔忌地黃和何首烏。醋忌茯苓；土茯苓、威靈仙忌茶等。這些可作為臨床應用的參考。
古人對食物與食物的配伍也有壹些禁忌。雖然道理不充分，但在藥膳的應用上可以作為參考。這些禁忌是:豬肉要忌蕎麥、鴿肉、鯽魚、黃豆；羊肉忌醋；狗肉忌蒜；鯽魚忌芥末、豬肝；豬血忌黃豆；豬肝忌蕎麥、豆瓣醬、鯉魚腸、魚肉；鯉魚忌狗肉；龜肉忌莧菜、酒、水果；鰻魚忌狗肉和血；麻雀肉忌豬肝；鴨蛋忌桑葚、李子；雞肉忌芥末、糯米、李子；龜肉應忌豬肉、兔肉、鴨肉、莧菜、雞蛋等。這些禁忌的主要應用是使人凝滯、受風、生瘡、得病。
藥膳的主要原料之壹是中藥。目前可以作為藥膳原料的常用中藥有500多種，食療中常用的中藥約有70種(見《學無止境(二十)——吃的中藥》)，如冬蟲夏草、人參、當歸、天麻、杜仲、枸杞等。這些藥物與食物的配伍、炮制、應用需要遵循中醫理論，使其功能互補、相互協調，否則會出現失誤或影響療效。因此，中國傳統醫學對藥膳的應用有嚴格的禁忌。
藥膳中的藥物配伍禁忌遵循《中藥學》理論，壹般指“十八反”和“十九畏”。“十八反”的具體內容是:甘草、大戟、海藻、芫花；川烏、瓜蔞、半夏、白蘞和白芨；藜蘆、沙參、丹參、玄參、苦參、阿莎麗和芍藥。“十九怕”的具體內容有:硫磺怕硝，水銀怕砒霜，狼毒怕立陶宛，巴豆怕牽牛花，丁香怕姜黃，川烏，草烏怕犀角，牙硝怕三棱柱，官圭怕赤石脂，人參怕五靈脂。
以上配伍禁忌可以作為用藥的參考，但不是絕對的。在古今方藥的應用中，也有壹些防恐的用法。比如參與使用五靈脂的壹方，可以補脾胃，止痛，壹定要在有經驗的臨床醫生指導下應用。
禁忌是中醫理論和實踐的壹個內容。主要包括兩類:壹是某些疾病忌食某些食物。如:肝病不宜辛辣；心臟病不鹹；水腫忌鹽；骨病有酸有甜；膽病不宜油膩；寒性疾病忌瓜果；魚蝦為瘡禁忌；頭暈、失眠者忌辣椒、胡椒、茶等。另壹類是指某些疾病，某些食物。如陰虛內熱、痰火上炎、津液衰竭者，忌食生姜、辣椒、羊肉等溫熱、幹燥、發熱的飲食；外感疾病、咽喉疾病、眼疾、瘡瘍、青春痘後，應避免食用芥末、大蒜、螃蟹、雞蛋等刺激性的產品；凡是濕熱之人，不宜吃焦糖、豬肉、芝士餅、米酒等助濕熱的飲食；凡中度寒性脾虛、病情嚴重、產後者，忌食西瓜、梅子、田螺、螃蟹、文蛤等。各種失血、痔瘡、孕婦等忌食箭頭、辣椒等活血飲食。懷孕期間，破血通經的產品，劇毒，催吐，辛滑。有些禁忌已被證明是合理的，有些是不現實的，在藥膳的應用中可以作為參考。