明崇禎十年，閑在家中的錢、瞿士禛(四，同“四聲”)因貪汙枉法被捕。他們壹起在監獄裏呆了幾個月。明代的瞿士禎記載:
常熟漢奸張漢儒說，謙和貪婪是犯法的。身之仁為師，法部緝捕治之。巡撫張國威、巡撫魯振飛，都認了罪，不肯聽。相比兩個人，體仁進過監獄，監獄好壹點。謙益坐下裁書，贖弟子。
這個案子的對錯我就不多說了。不管怎樣，明史說錢和瞿士禛是被冤枉的。攻擊師徒的張含儒是“漢奸”，文梯仁是“漢奸”。
此案的起因是文體仁欲搞錢錢乙，而瞿士昆是幫兇。
但屈士禎這個下崗官員，可以拉出來和錢錢乙綁在壹起。除了壹些證據之外，還因為瞿士禎與錢有很深的關系。
崇禎元年，師徒、師徒壹並革職。崇禎十年，壹起做細胞，差點壹起死。它們壹起在崇禎年間不再使用，在南明弘光年間又壹起回來了。
錢的很多門生，包括後來的國姓，都是他的門生，其中又以瞿士禛最為親近。
瞿士禛在政治行為上大體與其師錢共進退。
然而這種進退，在國破之時，終於分道揚鑣。
明朝崇禎十七年(公元1644年)六月，南明弘光王朝建立，錢和瞿士禎雙雙歸國。錢在南京任禮部侍郎，瞿士禎任兩廣總督。
第二年，王朝滅亡，清軍打到南京城下時，錢跟隨明朝權貴到了南京，壹起剃了頭發。
當清軍統帥多多進入南京時，錢和許多明朝的顯貴壹樣，試圖討好多多，以挽救他的生命和他在清朝的前途。
據《牧齋遺事》記載，錢準備送禮賄賂多多時，“親自帶職入朝，下拜告於(多多)王陳”，壹點骨氣也沒有。
錢對的逢迎並沒有讓他得到高官厚祿。清朝以後，清朝只給了他禮部右侍郎、明史副使的職位。他只工作了半年，就辭職退休了。
此後，錢似乎也回心轉意了(可能是真的覺醒，也可能是對清朝給予的低官職不滿)，余生堅持與義軍接觸，為反清復明而奮鬥，直至去世。
到了乾隆年間，錢就因為這種屢教不改的行為，被乾隆帝指定列入《兩朝大臣傳》。而乾隆對他的評價相當低:
對錢自稱的潔身自好，以廉恥而依戀...都是不要臉的！如果下壹代的果實可以死去，今天也應該在禮物之列。但是，我們不能放下自己的生命，卻還在假裝用語言和文字來掩蓋自己的生命。我們必須譴責他們毫無根據的進退，以掩蓋他們的無知。
錢的歷史地位，就這樣確定了，的黨內大佬、文壇領袖，是壹個茍且偷生的“二臣”。
另壹方面，他的得意門生屈世貞，在崇禎朝和洪光朝滅亡後，在隆武和李詠兩朝做官，依然堅定不移地抗清，不怕生死。
南明李詠四年(清順治七年，公元1650年)，桂系失陷，李詠逃走，曲世貞在桂林被清定南王孔有德俘虜。
瞿士禎的身份包括雍正內閣大學士和林東黨員。他在南部地區享有很高的聲譽。如果他能投降清朝，意義重大。
因此，孔有德多次親自向屈士禎投降。最後他甚至把條件放寬到只要剃頭出家就可以被釋放的地步。
然而，在被囚禁期間，瞿士禛只與南明總督張同敞寫詩，從未向清朝投降。
孔有德忍不住殺了瞿士禎和張同敞。
忠臣與孝子，哪個朝代都喜歡，甚至是仇人，清朝對屈世貞的評價遠高於他的老師錢錢乙，《史明·屈世貞》中記載:
贊曰:何騰蛟、瞿士堯，險象環生，卻守貞。雖然它的設施是粉刷過的，第壹眼看不出效果，但也是時代使然。辛苦了，沒少吃虧，也成不了輿論。夫義則窮，而後見之。兩個人拼了命，也就有了兩個心，所謂壹去不復返。明朝270多年培養文人的報紙在胡俟！它在胡俟！
雖然《明史》主要是由與瞿士禛關系密切的江南文人編撰，但最終的結論需要清朝的最終決定。所以這個結論也是對瞿士禛的由衷肯定。
錢錢乙和著名師徒瞿士禎曾經生死與共，與心目中的漢奸作鬥爭。
然而，在最後的考驗面前，師傅輸給了徒弟，錢教給了瞿士禛知識，但瞿士禛的脊梁是天生的，而不是教會的。