抗癲癇藥物(AEDs)治療是目前癲癇最重要的治療方法，常作為首選。開始使用抗癲癇藥物的原則是:(1)第二次發作後；(2)已有兩次發作，發作間隔時間大於1年，可暫延期藥物治療；(3)下列情況，首次發作後應立即開始治療:腦功能障礙；腦電圖證實為癇樣放電；承受不了復發的風險；頭顱影像檢查顯示腦部結構受損。藥物治療的壹般原則是:(1)根據發作類型和證候選擇藥物；盡可能單壹藥物治療；對於兒童、婦女等特殊人群，應考慮患者的特點；首次藥物治療失敗後，應考慮不同的機制，藥代動力學和不良反應不應相互增加。
療效協同增強的“合理多藥療法”；治療過程中應註意抗癲癇藥物的不良反應；如果合理使用壹線抗癲癇藥物後仍出現癲癇發作，則應嚴格評估癲癇的診斷，再判定為藥物難治性癲癇。
手術治療癲癇是藥物治療後的主要治療方法。手術治療的適應癥包括:藥物難治性癲癇和病竈相關癲癇(如局竈性皮質發育不良和海馬硬化)。手術方法主要有前顳葉切除、選擇性海馬-杏仁核切除、致癇竈切除、胼胝體切斷術、大腦半球切斷術、迷走神經刺激術、腦深部核電刺激術等手術方法。不同類型的癲癇有不同的手術方法。並且在手術治療前，癲癇患者應嚴格判斷癲癇發作類型和致癇竈的位置，然後根據致癇竈的位置選擇手術方式。
上海董磊腦科醫院對癲癇的治療是多學科協作的治療方法，如神經外科。孔曉東副教授帶領神經內科參與癲癇的診斷、視頻腦電圖檢查和藥物治療，宋教授帶領神經外科團隊參與耐藥癲癇的手術治療。多學科協作模式不僅用於治療癲癇，還應用於帕金森病、特發性震顫、肌張力障礙、阿爾茨海默病等功能性疾病，形成了有特色的多學科協作團隊，區別於外科手術。