臨床的
膿性分泌物:肛門附近有潰爛，有時膿性分泌物是肛瘺的典型癥狀。膿性分泌物可多可少，外口可封閉塌陷。過於勞累時，膿液會增多，嚴重時會流出糞便。
疼痛:肛瘺壹般無明顯疼痛。當外口閉合時，或膿液流出不暢時，瘺管內壓力增大，可出現疼痛和脹感，較膿液流出後更快緩解或消失。也可能因為內口較大，糞便流入瘺管而疼痛，尤其是排便時。
癢:由於膿液不斷刺激肛門周圍的皮膚，嚴重時可出現肛周濕疹。
全身癥狀:高位肛瘺膿液不暢時，可出現發熱、畏寒、食欲不振、便秘、小便黃赤或排泄困難、脈滑。作者可見反復貧血消瘦，結核性肛瘺可有潮熱、盜汗、五心煩熱等表現。
診斷
化膿性肛瘺外口小而凸，膿黃色濃稠，急性期可見局部腫痛。高位肛瘺可伴有全身癥狀。
結核性肛瘺外口大而凹陷，周圍皮膚暗紫色，膿液稀薄，有羊腸樣組織，可伴有結核的全身表現。
低位肛瘺可觸及皮下硬索瘺，高位肛瘺或結核性肛瘺壹般不能觸及明顯的索瘺。
肛門指診可觸及相應內口處隆起的小腫塊，中央凹陷壓痛。
肛門鏡檢查可在齒線處看到感染的肛竇，膿性分泌物可能溢出，在外口註射亞甲藍後可幫助找到內口。
探頭從外口進入，可以找到瘺管和內口，但要避免使用強力，以免出現假通道。
病理診斷可以確定瘺的性質，10%瘺如果有十年以上的病史報告可以癌變。
區別
1.化膿性汗腺炎:又稱大汗腺炎，多發生於大汗腺分布區，如會陰、腹股溝、腋窩，多處潰爛，瘺管走行於皮下，累及範圍廣，不與直腸相通。
2.骶尾部結核:起病緩慢，破裂後流出稀膿，口腔凹陷，久不收獲。可見有食欲不振、低燒、盜汗、咳嗽等肺結核癥狀。x線顯示骶尾部骨質破壞和結核病竈。