1，物理方法
清理池塘和疏浚淤泥壹般在冬季或早春等生產淡季進行。多數情況下，先將池水排幹，再用液壓挖池機清除淤泥。這種方法成本低，適應性強，但需要水源和大片荒地或淺灘來排泥，讓其沈澱。除了清淤，池塘底部的淤泥也經常被攪拌翻松，物理底部改良劑主要是沸石粉、木炭等吸水性物質。
雖然可以吸附水中大量的氨氮等有害物質，沈積在池塘底部，但會使沈積物中的氨等有害物質迅速上升，產生底部異味，不能從根本上解決問題。
2.化學方法
最常用的化學方法是石灰池清洗。石灰遇水發生化學反應，釋放大量熱能，中和汙泥中的各種有機酸，改變酸性環境，從而起到消毒、施肥、改善底質和水質的作用。使用時，可用於清潔池塘中的池塘或用水沖洗。用水清洗池塘壹般是在總堿度、總硬度、pH值較低的池塘。但如果池塘水和沈積物中鈣離子濃度高，堿度高，則不必施用生石灰。
3.生物學方法
利用生物修復養殖池塘底部，減少底部有機物的積累，也能取得顯著的效果。光合細菌、復合益生菌等微生物制劑也可以改善池塘底部。
由於光合細菌可以在光照較弱、有機物和硫化氫含量較高的池塘底部繁殖，並利用這些物質滿足自身需要，且被其他動物捕食，構成了養殖池塘中物質循環和食物鏈的重要環節，光合細菌在底部汙染嚴重或水質較差、無法換水的封閉養殖池塘中作用明顯。
4.預防措施
提高生物制劑的使用效果，首先要對影響魚、蝦、蟹池塘底質和池塘周邊環境的幾個因素，如水源、肥瘦水質、池塘淤積深度、天氣等進行全面的了解和分析。，才能有針對性的用藥，不能亂用藥，不能盲目用藥。壹般要求先調水再提高，但調水前不能使用農藥和消毒劑，提高藥物的使用率。
無論用哪種藥物改善底泥，都要適合池塘和水體。由於這類藥物的使用與水中溶解氧密切相關，使用時要註意天氣、缺氧、溫度、水質等。否則不但沒有改善底質，反而把壹塘水處理不好，或者水環境惡化，影響水生動物的健康生長發育。