13世紀初，元朝始祖成吉思汗統壹了蒙古族各部落，建立了蒙古帝國。蒙古社會進入了壹個新的歷史發展階段。隨著與中國各民族，特別是漢族和藏族的交往，以及與印度、阿拉伯和歐洲的交往，蒙古族的經濟和文化得到了發展，並創造了蒙古文字。傳統蒙醫療法、臨床用藥、理論和實踐得到了進壹步發展和完善。蒙醫骨科、創傷治療、馬奶酒療法、藥理學等知識有了新的進步。元朝歷史上有記載，1226年蒙古軍隊用大黃治療瘟疫。內蒙古特產藥材肉蓯蓉，在《飲食》、《本草綱目》等書籍中均有詳細記載。
14世紀蒙古翻譯家沙拉布桑格將金光明的《最好的國王經》翻譯成了蒙古語。隨後，古印度醫學的壹些理論首先在蒙古傳播開來。1576年，藏醫學經典名著《四部醫典》傳入蒙古，17年底，印度佛教名著《丹朱經》被翻譯成蒙文，對蒙醫學的發展起到了重要作用。蒙醫在傳統醫療實踐的基礎上，以藏醫、古印度醫學的陰陽五行(五行)學說和中醫知識為基礎，吸收了“何儀”、“瀉日”、“巴達幹”等學說，並結合蒙古族的特點和民間療法進行了創造性的改革和發展。
清初，蒙醫骨傷學發展到了壹個新的水平。比如蒙醫mergen，經常能把不能伸屈的關節脫臼，骨折。在《甘露四部》中，石巴拉吉爾結合蒙醫骨科傳統醫療經驗和創造性醫學，闡述了“創傷醫學”、“骨傷療法”、“脫位復位”、“腦震蕩療法”等理論和實踐內容，極大地發展了蒙醫外科學的理論和技術。在藥學上，蒙古醫學家創造了適合本地區的獨特的配藥方法和用藥方法，同時吸收了漢藏兄弟的藥理學理論知識，使自己的藥理學理論更加完善。17世紀的兩本書《愈傷除病甘露方》和《藥學五五處方集》反映了蒙古寒癥的壹面。伊沙巴拉吉爾所著《白景堯鑒》是壹部豐富的蒙藥著作，收錄了801種藥物，並寫成藥浴、礦泉療法等。《蒙醫經典》是壹部比較完整的蒙醫經典著作，收錄了879種藥物，599幅圖片。《蒙醫金匱要略》是壹部比較完整的蒙醫方劑學選輯，收錄了內科、外科學、婦科、兒科、五官、發熱、感染性疾病等臨床學科的方劑學200種。
在疾病的診斷中，已經形成了以問診、望診、觸診為基礎的診斷學，並逐漸分支。《脈診小結》和《甘露之春》中描述了“切脈、驗尿、問診、憑經驗診斷、不取診斷”等五種診斷方法。《新編易白鹿原醫法》中的外傷、脫位診斷方法是傳統診斷方法與理論相結合的產物。《白鹿原醫法》將臨床疾病分為內科、發熱、感染性疾病等13大科。
新中國成立後，黨和人民十分重視蒙醫的繼承和發展，翻譯整理了許多蒙醫典籍。目前，蒙醫學廣泛運用自然科學成果和現代診斷方法，不斷豐富和創新其傳統診斷方法，成為壹種全新的民族醫學，為豐富和發展中醫，提高人類健康水平做出了應有的貢獻。
色布蘇療法:蒙醫傳承之難delger周三投稿12/25/2013–14:22文攝影/本報記者查那色布蘇療法是自元代流傳至今的蒙醫傳統療法。它曾經在成吉思汗的戰鬥機爭奪戰中發揮了巨大的作用。這種就地宰殺牲畜，用其內臟和皮毛治療人體疾病的方法，是蒙醫的重要技藝之壹，適應了蒙古族的遊牧生活。然而，隨著人們生活方式和醫療環境的改變，這種療法正面臨著滅絕的危機。蒙古老醫生達楞泰夫人是自治區級色布素療法的非遺傳承人，現在壹年只有兩三個患者接受這種療法的治療。年輕的蒙古醫生很難從學校學到這種傳統的治療方法，但在現實的醫療環境中