尿道結石的治療要根據結石的部位來選擇，不同部位結石的處理方法也不同。如結石在尿道舟狀窩，可向尿道內註入無菌液體石蠟油，然後將結石擠出尿道口，或經尿道口插入血管鉗取出結石。如果是在後尿道，就要先把結石推進膀胱，再按膀胱結石處理。如果結石比較大，壹定要用尿道探頭送回膀胱，然後按照膀胱結石的處理方法進行處理。
尿道結石能否快速取出取決於結石的大小和位置。如果結石在尿道口附近，並且不是特別大，可以在直視下用止血鉗夾出。如果結石卡在中尿道或後尿道，用鑷子是取不出來的。可以用尿道探頭或膀胱鏡將結石推入膀胱，然後用體外沖擊波碎石，或者用內窺鏡碎石，會將結石打碎成粉末，然後排出體外。如果結石長時間卡在膀胱裏推不動，或者夾不出來，就要切開尿道取出結石。取出後，導尿管應保留壹段時間，以防尿道狹窄。