1，免疫治療:牛痘、卡介苗、脊髓灰質炎糖丸都可以作為生殖器皰疹的免疫治療，對減少復發有壹定作用。有的還用幹擾素、轉移因子、胎盤球蛋白等。來提高身體的免疫力。據報道，壹種針對皰疹病毒的疫苗正在開發中，以防止和減少復發。
2、局部治療:目的是防止患處感染，保持患處清潔幹燥。壹般用1: 5000高錳酸鉀坐浴或浸泡患處；也可以用3%的雙氧水溶液清洗患處，或者用0.5%的阿糖胞苷溶液塗抹患處。有的外用阿昔洛韋、皰疹霜、復方新黴素軟膏、紅黴素軟膏，都有壹定效果。
3、藥物治療:首選藥物為阿昔洛韋，該藥可緩解全身癥狀和疼痛，縮短病程，壹般口服，嚴重者可靜脈註射；第二種藥叫布洛芬，有抑制皰疹病毒的作用，口服；第三種藥叫利巴韋林，可以緩解癥狀；第四種藥叫病毒靈(嗎啉呱)；第五種藥物是阿糖胞苷。可以酌情選擇。