如果患者腰椎囊腫長在腰椎管外，感到腰部疼痛，局部壓痛，腰椎活動正常，可先采取保守治療，如艾灸和中藥熏洗，並要求患者減少腰椎活動，臥床休息。如果患者的囊腫發生在神經根管，且囊腫在椎管內反復摩擦變性，則可能出現神經受壓的癥狀，需要手術切除。椎管內也有病因不清的囊腫，也需要手術切除。
如果腰椎椎體內的囊腫是骨囊腫，則屬於良性病變。如果囊腫很小，沒有明顯癥狀，沒有神經壓迫或感覺障礙，不需要特殊治療，只需要觀察。如果囊腫對神經壓迫較大，導致感覺障礙，需要手術切除，植骨治療。
椎管內囊腫壹般是良性病變，生長過程相對較慢。沒有其他因素，壹般不會癌變。發病初期會出現腰骶部酸痛麻木、脹痛等癥狀。隨著病情的不斷加重，會出現排尿困難、下肢無力、疼痛等癥狀。建議做病理檢查，明確病因，對癥治療。如果有腰椎滑脫，但還沒有影響到神經，可以選擇保守治療。如果腫瘤比較小，可以選擇藥物治療。