肛周膿腫的治療選擇不多，唯壹的治愈方法就是手術，而且越早越好。在條件不成熟或身體條件允許的情況下，可以選擇藥物治療，靜脈或口服抗生素和局部外敷，但效果不壹定理想。
外科療法
1，切開排膿，局部麻醉下切開排膿，緩解癥狀，術後換藥，這類手術需要二次肛瘺手術，多用於患者身體狀況或臨時緊急處理。優點是創傷小，無需住院，恢復行動和工作快。缺點是需要二次手術，治療周期長，治療費用相對增加。
2、激進的操作
長期研究表明，只要不是血源性感染，盡量對肛周膿腫采取壹次性根治手術，90%以上的肛周膿腫患者可以通過壹次性手術治愈。壹次性手術的優點是:壹次手術比雙側手術痛苦小，療程短，二次手術壹般需要三個月到半年，節省了醫療費用。
目前根治手術壹般有三種方法:第壹種是低位膿腫直接切開引流，第二種是高位膿腫切開引流加掛線治療。掛線使括約肌切割緩慢，導致兩端斷端粘連固定，回縮移位很少。掛線還可以起到引流的作用，使分泌物和壞死的組織液沿著掛線引流，從而保持引流通暢，防止感染。掛線的目的是盡可能保護肛門功能。近年來，有學者提出了高位膿腫雙向等壓引流法。