1.肛門靜脈回流不暢，局部充血，組織營養不良，影響愈合。
2.瘺管彎曲，或有竇道、分支，引流不暢，膿液瀦留，瘺管反復感染，難以愈合。
3.直腸內有壹定的壓力，直腸感染物質，如糞便、氣體等，常可從內口進入瘺管，刺激腔壁，繼發感染後再從外口排出，這也是瘺管形成的原因。
4.肛門直腸周圍膿腫破裂後，膿液排出，膿腔逐漸縮小，外部破裂口和切口也縮小，腔壁形成結締組織增生的硬管壁，不能自然閉合。
5.瘺管大多通過肛門括約肌之間。由於括約肌經常不斷收縮和放松，壓迫瘺管，影響排膿，容易積膿感染，難以愈合。
6.肛周膿腫多在肛門外破裂或切開，膿液從外口流出，但原發感染多在肛竇。肛竇是繼發感染的門戶，反復感染形成瘺管。