2.食管癌和食管關節痛:主要癥狀是膈肌嗆咳，可通過食管鏡和X線吞鋇檢查鑒別。
3.胃潰瘍:疼痛多位於上腹部，常呈慢性、節律性、季節性、周期性。x線鋇餐和纖維胃鏡檢查可以顯示胃或十二指腸球部的潰瘍病變。
4.心絞痛食管炎和心絞痛的肌痛可分別存在，有時同時存在，且均可被硝酸甘油緩解，故難以區分。心源性疼痛常水平輻射到胸部，食道疼痛垂直輻射。這兩種疼痛均可由突然運動引起，但體位改變時可發生反流，無用力連續運動可引起心絞痛。
5.癔病球是指患者主訴喉部有異物感，無法開始吞咽，有堵塞感，臨床檢查未發現器質性病變。據信，上食管刺激是由高胃返流引起的。有時少數病人僅有的癥狀會導致誤診。