低聚異麥芽糖對人體無任何副作用，但它與某些藥物壹起服用時會產生壹些不良反應，致使胃部不適，所以，服用藥物和低聚異麥芽糖的時間最好間隔2小時。另壹方面，低聚異麥芽糖屬於非發酵性糖物，與藥物壹起服用會阻礙人體對藥物的吸收，降低藥效。
低聚異麥芽糖既可以添加於各類食品中，也可以直接食用。因為有些食品添加低聚異麥芽糖只是為了尋求壹個賣點，少量添加或根本不添加便大肆渲染，“該產品富含雙歧因子”，致使廣大消費者誤認為低聚異麥芽糖效果不明顯。
實踐證明，低聚異麥芽糖的效果是非常顯著的，其最方便、最有效、又最便於控制的方法是直接食用。直接食用時，既可用水沖飲，也可添加在稀飯等食物中。
低聚異麥芽糖間接生理功效：
1、促進食物消化、吸收，維持腸道正常功能。
2、恢復抗菌素治療、放射線治療、化學治療期間腸道正常菌落。
3、改善腹瀉與便秘，抑制病原菌和腐敗菌。
擴展資料：
低聚異麥芽糖有許多優良的性質和保健生理功能，適合代替部分蔗糖，添加到各種飲料、食品中，例如：
1、飲料：碳酸飲料、豆奶飲料、果汁飲料、蔬菜汁飲料、茶飲料、營養飲料、補鐵、補鈣、補碘飲料、酒精飲料、咖啡、可可、粉末飲料等。
2、乳制品：牛乳、調味乳、發酵乳、乳酸菌飲料，以及各種奶粉。
3、糖果糕餅：各種軟糖、硬糖、高粱飴、牛皮糖、巧克力、各種餅幹、各式西點、羊羹、月餅、湯團餡以及各種餅餡。
4、甜點心：布丁、凝膠食品等
5、冷飲品：各式雪糕、冰棒、冰淇淋等。
6、焙烤食品：面包、蛋糕等。
此外，還可作為畜肉加工品、水產制品、果醬油、蜂蜜加工品等的配料。
參考資料：