主要作用有健脾溫中，用於治療食欲不振、胃炎、腹瀉、消化不良、潰瘍性結腸炎等等，它可以調節腸道運動，增強免疫力和抗寒力。
但是是藥三分毒，雖然附子理中丸中的附子經過了壹定的炮制，起到了減毒的作用，但是如果藥量過大或者是長期服用，很有可能對人體的肝腎功能和血液系統造成損害，尤其是對於體質比較弱的人。
有些人在服用了附子理中丸之後會出現脫發、食欲不振的現象，如果出現了這種癥狀，應立即減少或者停藥。所以，孕婦、急性腸炎、泄瀉兼有大便不暢、肛門灼熱的人群，在使用附子理中丸時要格外慎重。