分為非手術治療和手術治療。壹般輕度腦積水應先試用非手術治療，以脫水療法和全身支持療法為主。手術治療適用於腦室內壓力較高（超過250mm水柱）或經非手術治療失敗的病例。嚴重腦積水如頭圍超過50cm、大腦皮質萎縮厚度在1cm以下，已合並有嚴重功能障礙及畸形者，手術療效不佳。
手術方式多采用腦脊液分流術。如腦室—心房分流術，腦室—矢狀竇分流術，腦室—腹腔分流術等。後壹種術式安全，並發癥少，使用較多。所用分流管是壹種帶有貯液囊、壓力閥裝置，並不透X線，以利於透視下檢查。
術後註意防止發生並發癥，如凝血塊阻塞導管，心臟內血栓形成、心內膜炎、敗血癥等。