分情況。如果兩個證書是在壹個藥店就可以，不是就不可以。
兩個證書不允許分別註冊在不同的藥店，要求兩個證書同時註冊在同壹家藥店，註冊為中西藥聯合執業。
註意：執業藥師證註冊可分為三種：第壹種為執業（西）藥師註冊、第二種為執業（中）藥師註冊，第三種為藥學-中藥學執業藥師註冊。可以選擇第三種情況將兩個證同時註冊，但是只能在壹家藥店註冊。
擴展資料：
註冊註意事項：
1. 申請辦理首次註冊時間超過《執業藥師資格證書》“簽發日期”年度的，還需提供《執業藥師繼續教育證書》。
2. 已經在外省(直轄市)食品藥品監督管理局註冊，準備變更到黑龍江省食品藥品監督管理局註冊的，按首次註冊要求準備材料，同時還需提交以下材料：在外省(直轄市)食品藥品監督管理局變更註冊申請表壹份(原件)及原《執業藥師註冊證》(正、副本原件)。
執業西藥師與執業中藥師註冊提交材料：
《執業藥師首次註冊申請表》(壹式二份)；《執業藥師資格證書》；身份證明復印件(A4紙復印)。
縣級(含)以上醫院或體檢中心出具的本人近期6個月內的《健康體檢表》原件與其復印件(A4復印紙復印)壹同提交，受理人員將《健康體檢表》原件與其復印件核對無誤後，當時將《健康體檢表》原件退回申請註冊人，其復印件留檔。
近期證件照片(同壹底版)壹寸4張(其中2張粘貼在《執業藥師首次註冊申請表》“粘貼照片處”位置上。
註冊單位合法開業證明：在藥品生產單位註冊的，提供《藥品生產許可證》(正本)復印件，復印件用A4紙復印並蓋公章。在藥品經營單位註冊的，提供《藥品經營許可證》(正本)復印件，復印件用A4紙復印並蓋公章。
在藥品使用單位註冊的，提供《醫療機構執業許可證》(正本)或(副本) 復印件，復印件用A4紙復印並蓋公章。勞動部門正式用工合同原件、復印件(藥品使用單位註冊人員提供在崗證明)。
參考資料：
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