九州通醫藥集團股份有限公司發軔於改革開放之初的1985年；
2000年1月，九州通醫藥集團第壹家經營性子公司--湖北九州通醫藥有限公司正式創立；
2003年底，九州通集團有限公司正式成立，開始建立規範的法人治理結構和完善的組織結構，其戰略定位：以醫藥分銷（批發）為主業，以醫藥物流、電子商務、零售連鎖為主要經營模式，並為上下遊客戶提供差異化服務；
2007年8月，成功引進外資6000萬美金，成為中外合資企業。
2008年6月，九州通醫藥集團投資1.6億元在北京建設的現代化醫藥物流中心正式投入使用，標誌著九州通成為中國大陸唯壹具備獨立整合物流規劃、物流實施和系統集成能力的大型醫藥物流企業。該中心的藥品儲存量達到40萬箱，日均吞吐能力達到1.5萬箱，峰值吞吐量達到2.5萬箱，營銷網絡覆蓋北京及周邊地區，訂單配送時間控制在24小時內，藥品出庫差錯率控制在萬分之壹以內。
2008年11月28日，九州通集團有限公司正式改為九州通醫藥集團股份有限公司。
2010年11月2日在上海證券交易所掛牌上市。
九州通醫藥集團擁有完善的品種結構和豐富的客戶資源，經營品規達14000多個，上遊供貨商近5600余家，下遊客戶70900余家，取得了國內240多種藥品的全國或區域總經銷、總代理資格。至今為止，九州通醫藥集團已在全國21個省會城市設立了21家省級子公司（大型醫藥物流中心）、在27個地級市設立了27家地級公司（地區醫藥物流配送中心）及近400個終端配送點，形成了覆蓋全國大部分縣級行政區域的物流配送網絡。
為打造企業核心競爭力，九州通秉持“技術讓服務更卓越”的理念，致力於現代物流技術的引進吸收和自主創新。目前，九州通是國內唯壹具備獨立整合物流規劃、物流實施、系統集成能力的醫藥物流企業，物流、信息技術處於國內壹流、國際領先的地位，是國內醫藥行業唯壹獲得“中國物流改革開放30年旗幟企業”稱號的企業。