1、組成成分不同
牛黃上清丸：人工牛黃、薄荷、菊花、荊芥穗、白芷、川芎、梔子、黃連、黃柏、黃芩、大黃、連翹、赤芍、當歸、地黃、桔梗、甘草、石膏、冰片。
人工牛黃、雄黃、石膏、大黃、黃芩、桔梗、冰片、甘草。
2、性狀不同
牛黃上清丸：紅褐色至黑褐色的大蜜丸或棕黃色至深棕色的水丸；氣芳香，味苦。
牛黃解毒丸：本品為棕黃色的大蜜丸或水蜜丸；有冰片香氣，味微甜而後苦、辛。
3、功效不同
牛黃上清丸：為清熱劑，具有清熱瀉火，散風止痛之功效。用於熱毒內盛、風火上攻所致的頭痛眩暈、目赤耳鳴、咽喉腫痛、口舌生瘡、牙齦腫痛、大便燥結。
牛黃解毒丸：具有清熱解毒之功效。用於火熱內盛，咽喉腫痛，牙齦腫痛，口舌生瘡，目赤腫痛。
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