肛拭子和鼻拭子、咽拭子這三種方式都是檢查病毒體的方法，只要的區別就是檢查的部門不壹樣，當然對應的檢查效果也會有壹定的差別。同樣，這三種方法都曾經用於新冠病毒的核酸篩查當中。武漢大學統壹對全棟學生都進行了統壹肛拭子檢測，主要是原因就是霍亂這種病毒危害極大，壹定要對於進行更準確的檢查方式來確定，才能避免其在人群中的傳播。同時由於相比來說發生的霍亂的病例只在壹棟樓之中，人數不是很多。而且都有比較固定的場所，這同樣也有利於肛拭子這種檢驗方式的實行。
下面我們就具體對三種方式進行相對，大致區別有以下三點：
壹、檢測采取樣本的部位不同。
平常我們進行的核酸咽拭子檢測是醫療人員采用棉簽插入口腔內蘸取咽喉部位或者是扁桃體部位的分泌物，然後進行細菌培養從而檢測新冠肺炎陽性率，鼻拭子是指將棉簽插入鼻腔內，提取鼻腔內分泌物進行培養檢測。而肛拭子檢測的部位則是從受試者的肛門內提取分泌物。
二、核酸陽性持續時間不同。
相比較之下，采用肛拭子的方式檢測核酸陽性所持續的時間要比鼻拭子這種檢測方法持續時間更長，同樣鼻拭子的檢測核酸陽性所持續的時間又要比咽拭子這種檢測方法持續時間長，時間越長對比的檢出率會越高，檢查結果也就更清確。從這種意義上來講，肛拭子檢查是最好的檢查方式，能夠提高新冠肺炎感染者的檢出率，避免漏檢壹些新冠感染者。
三、取樣便捷程度不同。
即然肛拭子檢查是最好的方法，為什麽沒有在新冠病毒檢查中大理采用呢，這其中最重要的原因是這種方法是三種方式中采樣最困難的。
在進行咽拭子和鼻拭子檢測的時候，大多數情況下，在戶外就可采取受試者的分泌物進行檢測，無需任務的遮攔。差別是咽拭子這種方式更容易被大家都接受，而且取樣也比鼻拭子更快，更安全。鼻拭子的操作壹定要有專業的人員進行，否則會給被檢查著的鼻粘膜造成傷害。或者由於采樣不深而無法達到應有的效果。
而進行肛拭子檢測時，考慮到隱私問題，需要在密閉的空間內對受試者進行檢測，這就需要在核酸檢查點周圍建很多密閉的小房子，這無疑需要占用很大的空間和興建人才，並且消耗大量的財力。
國家在綜合考慮這以上三種方式的優劣的基礎上，最終選擇了用咽拭子做了我國新冠核酸檢測的常規方式。