聯邦制藥堅持以“創新是企業發展的根本動力”作為公司研究發展戰略，經過多年的發展和努力，在各類政府科技項目中獲得了多項榮譽：
2000年，復方可待因口服溶液被認定為廣東省重點新產品；
2001年，他唑巴坦及註射用他唑巴坦鈉/哌拉西林鈉被認定為國家重點新產品；
2003年，國家人事部和博士後管理委員會批準聯邦制藥設立博士後科研工作站；
2003年，舒巴坦匹酯及阿莫西林舒巴坦匹酯片被認定為國家級火炬計劃項目；
2003年，聯邦制藥技術中心被認定為中山市企業技術中心；
2004年，頭孢曲松鈉被認定為國家級火炬計劃項目；
2004年，公司推出的新藥憂必青（咪喹莫特乳膏），具有療效確切、復發率低、副作用小、用量少、用藥次數少、用藥方便、對各種生殖疣均有效等優點，幫助患者輕松除疣，減輕痛苦；
2005年，聯邦制藥獲批組建廣東省抗感染藥物工程研究開發中心；
2005年，鹽酸左氧氟沙星滴眼液被認定為廣東省重點新產品；
2005年，聯邦制藥技術中心被認定為珠海市重點企業技術中心；
2005年，“新型治療性表位疫苗的研發與產業化”項目於被列為廣東省粵港關鍵領域重點突破項目；
2007年，聯邦制藥技術中心被認定為廣東省省級企業技術中心；
阿莫西林顆粒於2004年及2007年兩度被評為廣東省名牌產品；
2007年，公司推出新產品阿迪仙（阿德福韋酯膠囊），用於治療慢性乙肝，其療效確切、安全可靠、耐藥性低等特點給乙肝患者帶來了新的希望；
2007年，“基因工程治療糖尿病藥物生產技術改造”項目於被列為廣東省省級財政支持技術改造項目。