臨床上能與恩諾沙星配伍的，常選用氨基糖苷類、第三代頭孢菌黴素和廣譜青黴素。目前使用效果，最明顯的就是安普黴素，像其他的阿米卡星，新黴素，青大黴素等藥物配伍，效果略差壹點
因為安普黴素的抗菌機制是可特意的阻礙細菌蛋白質的生物合成，從而達到抑制和殺滅細菌的目的，而恩諾沙星也是可特異地作用於細菌DNA回旋酶，抑制其活性，影響DNA的解鏈和封鏈過程，兩藥連用，對細菌復制和翻譯過程產生雙重阻斷作用，也就是說藥效會更強！可以稱得上是“黃金搭檔”。
『乳酸恩諾沙星12克+安普黴素8克+TMP5克，兌水三百斤』
註意：如果長時間地使用了安普黴素和恩諾沙星，是會產生耐藥性的，恩諾沙星可以和阿普拉黴素等聯合應用。養殖過程中抗菌藥可以選擇復方制劑避免耐藥性。
二、恩諾沙星的配伍禁忌
1～恩諾沙星與慶大黴素合用的時候容易造成，腎臟毒性的增強最好是分開給藥
2～恩諾沙星含嚴禁與阿托品，西米替丁，法莫替丁等進行配伍，會導致恩諾沙星的生物利用度下降，
3～在治療腺肌胃炎時，很多人喜歡將恩諾沙星與西米替丁進行混飲，實際上藥效無形中間就降低了
4～恩諾沙星也會抑制氨茶堿的代謝，在血藥濃度中，氨茶堿的濃度增高，從而引起中毒，在使用時氨茶堿壹克兌水40斤計算，分開飲水
5～另外壹些嚴禁配伍的有強力黴素，大環內酯類以及氟苯尼考。
6～最後壹點重要的地方在於恩諾沙星可以抑制肝藥酶的作用，如果使用恩諾沙星的時候，壹定不要使用在肝臟中代謝的藥物，比如紅黴素，林可黴素，或錯開時間點使用。