與其他系統疾病不同，男性不育不是單壹的特異性疾病，而是由多種病因導致的男性生殖器，包括內外生殖器和性腺軸不同水平的異常，最終表現為生育力下降或喪失的綜合病癥。正因為如此，對於男性不育癥不可能用壹種特效的藥物或方法，治愈各種不同病因所致的男性不育癥。相反，由於目前還未能認清全部男性不育的病因，因此，也就尚無肯定有效的治療方法用於臨床。目前在臨床有壹定療效的治療方法主要有以下幾種。
（1）內分泌治療。主要應用長效庚酸睪酮治療促性腺激素低下的性腺功能低下癥；溴隱亭治療高泌乳素血癥；枸櫞酸氯米芬治療少精子癥以及人絨毛膜促性腺激素和人絕經期促性腺激素合用治療促性腺激素低下癥。
（2）生殖道炎癥治療。目前主張聯合應用抗生素與抗炎類藥物，治療的效果較好。
（3）免疫治療。應用外科手術切除生殖管道局部的損傷病竈，減少抗精子抗體的產生，同時使用免疫制劑，可取得較好療效。
（4）外科治療。近年應用顯微外科技術治療男性生殖系疾病，是男性不育診治技術的主要進展。現已廣泛用於臨床的有：輸精管的顯微外科吻合術、附睪管與輸精管的顯微外科吻合術。
（5）人工授精。應用各種物理和生物化學技術處理精液，提高精子受孕能力，進行夫精人工授精。應用精液冷藏技術，對無精子癥患者給予供精人工授精，但實際應用中對於供精者的選擇等尚有許多復雜問題。
（6）原因不明的不育癥治療。目前除了已經明確了病因而且有壹定治療方法的男性不育癥外，尚有許多原因不明，診斷不明確的少精子癥和弱精子癥，統稱為原因不明的男性不育癥。此種情況的治療方法繁多，但療效均不肯定，主要有激素、抗生素、甲狀腺素、維生素、微量元素、氨基酸等藥物以及中草藥治療，同時輔以勸告患者避免煙酒，防止精神緊張、過度疲勞以及保持正常營養和規律的生活習慣等。