典型的臨床經過可分為4期，自然病程為4～5周，各期傷寒臨床表現如下：
（壹）初期（侵襲期）
病程的第1周。起病緩慢，發熱，體溫呈階梯樣上升，可在5～7日內達39℃～40℃。發熱前可有畏寒，少有寒戰，出汗不明顯。還可伴有全身癥狀、呼吸系統及消化系統癥狀。有下腹可有輕壓痛。
（二）極期
病程第2～3周，並發癥多出現在本期。
1.持續發熱：多呈稽留熱型，熱程可持續2周或以上。
2.神經系統：內毒素的致熱和毒性作用，表現精神恍惚、表情淡漠、呆滯、反應遲鈍、耳鳴、聽力減退。重者可出現譫妄、頸項強直（虛性腦膜炎），甚至昏迷。
3.相對緩脈：成年人常見，並發心肌炎時相對緩脈不明顯。
4.玫瑰疹：部分病人皮膚出現淡紅色小斑丘疹，多見於胸腹背部，四肢較少見。多在2～4日內消退。出汗較多者，可見水晶型汗疹（白痱）。
5.消化道癥狀：腹脹、便秘多見，約10%的患者腹瀉，右下腹可有深壓痛。
6.肝脾大：大多數患者有輕度肝脾腫大。並發中毒性肝炎時，可出現黃疸或肝功能異常（ALT升高等）。
7.傷寒的主要並發癥
（1）腸出血：較常見，多見於病程第2～3周。根據出血量多少而臨床表現輕重不壹，出血嚴重者血壓下降及休克等。
（2）腸穿孔：最嚴重的並發癥，多見於病程第2～3周。穿孔前常有腹脹、腹瀉或腸出血，穿孔部位多在回腸末端。右下腹突然劇烈疼痛，伴惡心嘔吐、冷汗、脈快、體溫與血壓下降。隨後出現腹膜炎征象，體溫再度升高，肝濁音界縮小或消失，腹部X線檢查可見遊離氣體，血白細胞增高伴核左移。
（3）中毒性肝炎：多見於病程1～3周，特征為肝大，壓痛，少數患者可有輕度黃疸，ALT上升，隨病情好轉肝損害恢復，壹般在2～3周內恢復正常。
（4）其他：中毒性心肌炎、支氣管肺炎等。
（三）緩解期
病程第3～4周。
體溫出現波動，並逐漸下降。食欲漸好，腹脹逐漸消失，脾臟開始回縮，各系統癥狀減輕。
本期小腸病理的改變仍處於潰瘍期，仍要警惕出現腸出血、腸穿孔等並發癥的可能。
（四）恢復期
病程第5周。
體溫恢復正常，神經系統、消化系統等各種不適癥狀消失，肝脾恢復正常。
通常在1個月左右完全康復。但體弱，原有慢性病病人，或有並發癥者病程較長。
臨床類型：
1.輕型——多見於兒童或發病初期使用有效抗生素、或曾接受過傷寒菌苗預防的患者。
2.暴發型——起病急、毒血癥狀重、高熱或體溫不升、並發中毒性腦病、心肌炎、中毒性肝炎或休克等。
3.遷延型——常見於原有慢性乙肝、膽道結石、慢性血吸蟲病者。
4.逍遙型——發病初起癥狀不明顯，能照常生活、甚至可以工作，部分患者發生腸出血或腸穿孔才被診斷。
幾種特殊情況：
1.小兒傷寒——年齡越小癥狀越不典型，起病急、惡心和腹瀉等胃腸道癥狀明顯，易並發氣管炎或肺炎。
2.老年傷寒——癥狀不典型，發熱不高，病程長，易並發氣管炎或肺炎、心衰，病死率高。
3.再燃——緩解期體溫尚未降至正常，又重新升高。
4.復發——退熱後1～3周臨床癥狀再度出現。