根據上述職責，省衛生廳設14個內設機構： （壹）辦公室（交流合作處）。
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常工作；承擔信息、保密、政務公開、信訪等工作；開展醫療衛生方面的對外交流與合作。
（二）政策法規處。
起草有關地方性法規、規章草案，組織擬訂相關政策和標準；承擔有關規範性文件的合法性審核工作；承擔有關行政復議和行政應訴工作；指導衛生系統法制宣傳教育；指導衛生系統落實執法責任制。
（三）規劃財務處。
擬訂衛生事業中長期發展規劃，統籌規劃與協調衛生資源配置，管理大型醫用裝備的配置；監管省級衛生事業經費、直屬單位基本建設項目和國有資產；協同管理衛生醫療服務價格和規範服務行為；指導基層衛生機構建設；負責機關和指導直屬單位財務、內部審計工作；擬訂藥品和醫療器械采購相關規範並指導實施；指導衛生信息化和衛生統計管理工作。
（四）食品安全綜合協調處。
承擔食品安全綜合協調工作；組織擬訂食品安全地方標準；組織查處食品安全重大事故；組織開展食品安全監測、風險評估和預警工作；擬訂食品安全檢驗機構資質認定的條件和檢驗規範；承擔重大食品安全信息發布工作。
（五）疾病預防控制處
（省愛國衛生運動委員會辦公室）。
擬訂重大疾病防治規劃、免疫規劃和嚴重危害人民健康的公***衛生問題的幹預措施並組織實施；完善疾病防控體系，防止和控制疾病的發生和疫情的蔓延；承擔法定報告傳染病疫情信息發布工作；承擔省愛國衛生運動委員會、省人民政府防治艾滋病工作委員會的日常工作。
（六）農村衛生管理處。
承擔綜合管理農村基本衛生保健和新型農村合作醫療工作，擬訂有關政策、規劃並組織實施；指導農村衛生服務體系建設、新型農村合作醫療制度建設和鄉村醫生相關管理工作；監督指導農村衛生政策的落實。
（七）婦幼保健與社區衛生處。
擬訂婦幼衛生、社區衛生、健康教育的政策、規劃、規範、標準並組織實施；對婦幼保健、社區衛生、健康教育實施監督管理，牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作。 （八）醫政處。
擬訂醫療機構、醫療技術應用、醫療質量和服務、采供血機構管理等有關政策、規範、標準，並組織指導實施；承擔建立醫療機構醫療服務評價和監督體系的有關工作；擬訂醫務人員執業標準和服務規範；指導醫院藥事、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等有關工作；承擔推進公立醫院管理體制改革工作。
（九）公***衛生與監督處。
指導、監督和規範衛生行政執法工作；按照職責分工，承擔職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理工作；承擔公***場所、飲用水等的衛生監督管理；承擔傳染病防治監督工作；督辦重大醫療衛生違法案件。
（十）藥物政策與基本藥物制度處。
組織實施基本藥物制度，組織擬訂藥物政策，參與制定國家基本藥物目錄；參與擬訂國家基本藥物采購、配送、使用的政策措施；會同有關方面提出基本藥物目錄內藥品生產的鼓勵扶持政策；提出基本藥物價格政策的建議。
（十壹）衛生應急辦公室。
擬訂突發公***事件衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施；組織協調與指導各地突發公***衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；組織實施對突發急性傳染病防控和應急措施；對重大災害、恐怖、中毒事件及核事故、輻射事故等組織實施緊急醫學救援；發布突發公***衛生事件應急處置信息。
（十二）科技教育處。
擬訂醫藥衛生科技發展規劃；參與制定醫學教育發展規劃；組織實施重點醫藥科研攻關項目；指導醫療衛生方面的技術推廣和科學普及工作；組織研究醫學衛生技術標準；組織指導醫學重點專科、特色專科建設；承擔人類輔助生殖技術和人類精子庫的準入管理；承擔醫藥衛生實驗室生物安全的監督管理；組織指導衛生專業技術崗位培訓工作；承擔組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作；參與指導高等醫學院校臨床教學工作。
（十三）人事處
（與直屬機關黨委辦公室合署）。
擬訂衛生人才發展規劃和政策並指導實施；會同有關部門擬訂各類衛生專業技術人員資格標準並組織實施；負責機關和指導直屬單位的人事管理、機構編制、勞動工資、安全、離退休人員服務和黨群工作。
（十四）幹部保健局
（省委保健委員會辦公室）。
承擔省委保健委員會確定的重要保健對象及全省副廳級以上及享受副廳級醫療待遇保健對象的醫療保健工作；承擔省重要會議與重大活動的醫療衛生保障工作；承擔省委保健委員會的日常工作。