壹、性質不同
1、北京大學口腔醫院門診部：屬於私有性質。
2、北京大學口腔醫院：屬於公立醫院。
二、地理位置不同
1、北京大學口腔醫院門診部：位於北京市西城區西什庫大街甲37號。
2、北京大學口腔醫院：位於北京海澱區魏公村。
三、特點不同
1、北京大學口腔醫院門診部：北京大學口腔醫學院的分支醫療機構。
2、北京大學口腔醫院：實行口腔醫學院、口腔醫院、口腔醫學研究所三位壹體的管理體制。 其宗旨是培養高等口腔醫學人才，普及和提高口腔疾病的預防和治療水平，承擔國家級及教育部、衛生部有關科研項目。
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百度百科-北京大學口腔醫院門診部