1、功效不同，水菖蒲具有開竅醒神、化濕開胃、寧神益誌的功效。而石菖蒲具有開竅豁痰、醒神益智、化濕開胃的功效。
2、治療病癥不同，水菖蒲可以治療神昏癲癇、健忘失眠、耳鳴、耳聾、脘痞脹痛、噤口痢等病癥。而石菖蒲可以治療神誌昏迷、健忘失眠、耳鳴、耳聾、脘痞脹痛、噤口痢等病癥。
3、禁忌不同，水菖蒲具有壹定的禁忌，對水菖蒲過敏者、孕婦以及哺乳期婦女等人群應避免使用，以免對身體造成不良影響。而石菖蒲通常沒有明確的禁忌，但是陰虛內熱者要慎用，以免導致病情加重。
4、毒性不同，石菖蒲具有壹定的毒性，如果長時間使用，可能會導致患者出現頭暈、惡心、嘔吐等癥狀。
5、註意事項不同，使用水菖蒲時，要註意避免與辛辣刺激性的食物同食，以免影響藥效。而使用石菖蒲時，要註意避免與辛辣刺激性的食物同食，以免影響藥效。