作為植物的壹種，真菌包括了黴菌和蕈類。多種真菌的孢子在環境中無處不在，空氣中就常常懸浮著這些孢子。在落到皮膚上或被吸入肺部的各種各樣孢子中，有的能引起輕微的感染，僅在罕有的情況下才播散到身體其他部位。少數幾種真菌，如念珠菌的多數菌株能在人體體表或腸道內正常存活。這些正常機體定居者僅偶爾引起皮膚、陰道或口腔的局部感染，而少有更多的危害。但是，某些真菌株有時可導致肺部、肝臟或身體其他部位的嚴重感染。
對免疫系統受損的人來說，真菌特別易於引起感染。例如，艾滋病患者或正接受抗癌治療的患者更易於發生嚴重的真菌感染。有時，有免疫受損的人發生某些種類真菌的感染，這些真菌很少感染免疫正常的人，但如果發生也會引起損害，如毛黴菌病和曲黴菌病。
有些真菌感染在某些地區更常見。如在美國，球孢子菌病總是無例外地發生在西南部；而組織胞漿菌病則常見於東部和中西部，尤其在俄亥俄州和密西西比河流域。芽生菌病卻僅見於北美和非洲。
因為大多數真菌感染發展緩慢，往往經過數月或數年以後患者才意識到需要檢查和治療。這些感染可能很難處理，並常常需要長時間的治療。抗真菌藥有多種類型可供選用。
- 組織胞漿菌病
組織胞漿菌病是由莢膜組織胞漿菌引起的感染，主要累及肺部，有時也能播散至全身。
組織胞漿菌的芽孢存在於土壤中，尤其是美國東部和中西部某些州。農民和其他在這些含有芽孢土壤工作的人易於吸入芽孢。吸入大量的芽孢可能發生嚴重的感染。艾滋病病毒感染者更易患組織胞漿菌病，特別是可播散於全身的重型感染。
. 癥狀和預後
大多數人感染後沒有任何癥狀。然而在有感染表現的患者中，組織胞漿菌病表現有3型：急性型、進行性播散型和慢性空洞型。
急性型癥狀常於吸入真菌孢子後3～21天出現，患者感覺不適，發熱和咳嗽。不經治療，癥狀壹般在兩周內自行消失，很少超過6周。此型組織胞漿菌病很少危及生命。
健康成人通常不會發生進行性播散型。本型常見於嬰兒和免疫系統受損的病人（如艾滋病患者）。癥狀可緩慢亦可迅速惡化，肝、脾和淋巴結可腫大，口腔和腸道潰瘍較少見。個別患者可發生腎上腺損害，導致艾迪生病。如不進行治療，90％的此型患者將會死亡，艾滋病患者發生此型組織胞漿菌病即使給予治療，也可能迅速死亡。
慢性空洞型是壹種逐漸發展超過數周的肺部感染，將出現咳嗽和進行性加重的呼吸困難。癥狀還包括消瘦、嚴重不適和中度發熱。大多數患者不經治療可於2～6個月內康復。然而呼吸困難可逐漸加重，且部分患者可出現咳血，有時為大量咳血。患者最終因肺部損害或肺部細菌侵襲而死亡。
. 診斷和治療
為了作出診斷，醫生從患者的痰、淋巴結、骨髓、肝、口腔潰瘍、尿或血采集標本，送實驗室進行培養和分析。
組織胞漿菌病急性型患者很少需要藥物治療。然而，進行性播散型患者應用靜脈給予兩性黴素B或口服伊曲康唑常可獲良效。對慢性空洞型患者，雖然感染引起的組織破壞會留下瘢痕，應用兩性黴素B或伊曲康唑仍可以清除真菌，與慢性阻塞性肺部疾病引起的相似的呼吸問題通常會持續存在。故為減少肺損害，應盡可能早開始治療。
發生真菌感染的危險因素
抑制免疫系統的治療
抗癌藥物（化療）
皮質類固醇和其他免疫抑制劑
疾病和病情
艾滋病
腎衰竭
糖尿病
肺部疾病，如肺氣腫
霍奇金病或其他淋巴瘤
白血病
大面積燒傷
- 球孢子菌病
球孢子菌病（聖華金熱、峽谷熱）是由粗球孢子菌引起常累及肺部的壹種感染。
球孢子菌病既可表現為不經治療即能痊愈輕微的肺部感染（急性原發型）；亦可表現為進行性全身播散且常危及生命的嚴重感染（進行型），後壹種類型常常為患者免疫系統受損的標誌，通常由艾滋病引起。
球孢子菌的芽孢出現於北美、中美和南美壹些地區的土壤中。農民和其他工作中接觸土壤的人極易吸入其孢子引起感染。到這些地區旅遊受染的人，常在其離開之後才出現癥狀。
. 癥狀
大多數急性原發型患者無任何癥狀。如有癥狀常於感染後1～3周出現。多為輕度發熱、胸痛和寒顫，可有咳痰和偶然咯血。部分患者可發展成沙漠風濕病（desert rheumatism）——包括眼表面和關節的炎癥（結膜炎、關節炎）以及皮膚結節（紅斑性結節）形成等表現的壹個疾病。
球孢子菌病進行型不常見，可由急性原發感染後或於高發區長期居住經數周、數月或數年後發生。癥狀有輕度發熱、沒有食欲、消瘦、乏力。肺部感染加重可引起呼吸短促。感染還可從肺播散至骨、關節、肝、脾、腎、以及腦和腦膜。
. 診斷
患者居住在或近期曾旅行到過流行區，並表現出上述癥狀，應考慮診斷球孢子菌病。采集患者的痰、膿標本送實驗室檢查分析。血清學檢查可揭示是否有抗真菌抗體存在。在急性原發型患者，該抗體出現早、消失快，但在進行型患者血中持續存在。
. 預後和治療
急性型患者壹般不需治療即能清除病菌和完全康復。但進行型患者應用靜脈給予兩性黴素B或口服氟康唑治療，也可選擇用伊曲康唑或酮康唑。藥物治療對皮膚、骨或關節等局部感染有效，但停藥後易復發。進行性播散的嚴重球孢子菌病大多危及生命，尤其是發展成腦膜炎（腦和脊髓膜的感染）者。對腦膜炎患者應用氟康唑治療，兩性黴素B鞘內註射也可作為選擇。療程必須持續數年，常常為終生治療。腦膜炎患者不經治療，幾乎無壹幸免於死亡。
- 芽生菌病
芽生菌病（北美芽生菌病，吉爾克裏斯特病）是由皮炎芽生菌引起的壹種感染。
芽生菌病為壹肺部原發性感染，偶可經血流播散。芽生菌孢子可能經呼吸道吸入進入體內，但在環境中孢子的來源尚不清楚，河貍的巢穴曾與壹次爆發感染有關聯。在美國，大多數感染主要發生在東南部和密西西比河流域。感染也廣泛散發於廣闊的非洲地區。20～40歲男性最易受感染。本病在艾滋病患者中罕見。
. 癥狀和診斷
肺芽生菌病開始為漸進性的發熱、寒戰和全身大汗，可發生幹咳或咳痰、胸痛和呼吸困難。其肺部感染進展緩慢，有時不經治療也可好轉。
播散型芽生菌病可累及機體多個部位。皮膚感染開始時為壹些小丘疹，可為膿泡性丘疹，持續壹段短時間後緩慢擴散，發展成壹凸起的斑狀皮疣，邊緣圍繞許多無痛性細小膿點，部分可小似針尖。感染累及到骨時表現為疼痛性腫脹。在男性患者，可發生附睪（壹種附著於睪丸的索樣結構）腫疼或因前列腺感染（前列腺炎）導致的深部不適。
通過顯微鏡下檢查痰液或感染組織如皮膚標本能作出診斷。如發現真菌，進行實驗室培養和分析可確診。
. 治療
芽生菌病應予靜脈滴註兩性黴素B或口服伊曲康唑治療。治療後壹周，患者自覺癥狀即明顯改善，真菌迅速得到清除。如不經治療，感染緩慢惡化，最終導致死亡。
- 念珠菌病
念珠菌病是由念珠菌屬、尤其是白色念珠菌引起的壹種感染。
口腔和陰道粘膜念珠菌感染，常見於免疫功能正常的人群。但在糖尿病、艾滋病患者和孕婦中更為常見並且頑固。
免疫系統受損的患者常發生播散至全身的念珠菌病。白細胞數低下的患者——可由白血病或其他抗腫瘤治療引起，和血管中置放導管的患者均有發生念珠菌血液感染（念珠菌菌血癥）的危險。外科手術或其他涉及到心臟和血管的侵入性操作的患者可能發生心臟瓣膜的感染（心內膜炎）。
. 癥狀和診斷
念珠菌病的癥狀根據其感染組織的不同而變化。例如，口腔感染（鵝口瘡）可於口腔內出現疼痛的奶油樣白色斑。食管感染後的白膜可致吞咽和進食困難。心臟瓣膜的感染可導致發熱、心臟雜音和脾腫大。視網膜（在眼球後的內面上的對光敏感的壹層膜）感染可引起失明。血液或腎臟感染可表現發熱、血壓很低（休克）和尿量減少。
很多念珠菌感染僅依據其癥狀即能判別。為確定診斷，必須於顯微鏡下檢查皮膚標本發現真菌。血液或腦脊液培養也能揭示念珠菌的存在。
. 預後和治療
口腔或陰道念珠菌感染可局部直接使用抗真菌藥，或口服氟康唑治療。播散於全身的念珠菌病是壹種進行性的危及生命的嚴重疾病，雖然氟康唑對某些患者有效，但通常應予靜脈滴註兩性黴素B治療。
某些基礎疾病，如糖尿病可導致念珠菌感染惡化，此時應控制基礎疾病以幫助根治念珠菌感染。
- 孢子絲菌病
孢子絲菌病是由申克孢子絲菌引起的壹種感染。
孢子絲菌特定的被發現於薔薇叢、野漿果灌木叢、泥炭癬和其他林地覆蓋物上。農民、園丁和林場工人極易被感染。
孢子絲菌病通常累及皮膚和鄰近淋巴管。偶可引起肺或其他組織感染。
. 癥狀和診斷
皮膚和鄰近淋巴管感染，典型地開始於1個手指，先是出現壹個無痛的小結節，以後緩慢增大並形成壹個潰瘍。數天或數周後，經該手指的淋巴管上行，通過手掌和手臂到達淋巴結，沿途形成許多結節和潰瘍。患者通常沒有別的癥狀。
肺部感染可引起肺炎，伴有輕微胸痛和咳嗽，常見於患有其他的肺部疾病如肺氣腫的病人。發生於身體其他部位的感染較少見，如骨、關節、肌肉和眼部。發生在脾、肝、腎、生殖器和腦的感染則極其罕見。
發現特征性的結節和潰瘍應考慮孢子絲菌病的診斷。對感染組織標本進行培養並鑒別出孢子絲菌可確診。
. 治療
累及皮膚的孢子絲菌病壹般進展非常緩慢，且罕有危及生命，可應用口服伊曲康唑治療。口服碘化鉀也是可選擇的處方，但其療效不如伊曲康唑，且在大多數人可發生諸如皮疹、流鼻涕，以及眼、口腔和咽部炎癥的副作用。對於有生命危險的，全身範圍內的感染的治療，可給予兩性黴素B靜滴。但越來越多的病例表明，口服伊曲康唑具有同樣好或更好的療效。