1、組織病理改變
表皮呈乳頭瘤樣增生，棘層肥厚。表面有輕度角化亢進及角化不全。在棘細胞及顆粒層內可見空泡化細胞，細胞胞體較大，有壹圓形深染的核，核周空泡化，淡染，在核膜及漿膜間有絲狀物相連，使細胞呈貓眼狀。空泡化細胞是尖銳濕疣的特征性所見，在棘細胞中、上層更為明顯。真皮淺層血管周圍中等密度浸潤，以淋巴細胞為主，還可見漿細胞浸潤。真皮乳頭部血管擴張，乳頭增寬，上延。
2、醋白試驗
以3%～5%的醋酸溶液浸濕的紗布包繞或敷貼在可疑的皮膚或黏膜表面，3～5分鐘後揭去，典型的尖銳濕疣損害將呈現白色丘疹或疣贅狀物，而亞臨床感染則表現為白色的斑片或斑點。醋白試驗對辨認早期尖銳濕疣損害及亞臨床感染是壹個簡單易行的檢查方法。對發現尚未出現肉眼可見改變的亞臨床感染是壹個十分有用的手段。醋白試驗簡單易行，應作為尖銳濕疣患者的壹個常規檢查手段，有助於確定病變的範圍，進行指導治療。但醋白試驗並不是個特異性的試驗，對上皮細胞增生或外傷後初愈的上皮可出現假陽性的結果。
3、陰道鏡檢查(colposcopy
陰道鏡是特殊的放大鏡，主要用於對宮頸陰道部黏膜的觀察，可用於外陰及陰道上皮的檢查。陰道鏡可將宮頸表現放大20～40倍，對宮頸上皮的亞臨床感染，癌前期病變的早期發現，早期診斷有很大幫助。患者在檢查前24小時內應避免陰道沖洗及性交。宮頸以3%～5%醋酸溶液浸濕的紗布敷貼3分鐘後以陰道鏡檢查將有助於發現HPV的亞臨床感染。對境界清楚的白色斑片或斑點，應進壹步取材作組織病理學檢查。宮頸上皮內瘤樣病變(cervical intraepithelial neoplasia, CIN)可分為3級。
4、細胞學檢查
主要用於檢查女性陰道或宮頸上皮有否HPV的感染。在被檢部位刮取細胞並塗於玻片上，以95%酒精固定;常用巴氏染色法，鏡下所見分為五級;Ⅰ級為正常;Ⅱ級為炎癥;Ⅲ級為可疑癌;Ⅳ級為高度可疑癌;Ⅴ級為癌癥。Ⅱ級又分Ⅱa及Ⅱb。Ⅱa系炎癥細胞;Ⅱb塗片中除炎癥細胞外尚含少許輕度核異質細胞。對塗片示Ⅱb的病例應隨訪，定期檢查。為確定有否HPV感染，需用特異性抗HPV抗體，作組織化學染色或采用原位雜交技術。
5、聚合酶鏈反應(PCR)
取病變組織或可疑部位樣品，提取DNA，利用特異引物對目標DNA予以擴增。引物可以是HPV通用引物，亦可以是針對某壹型的特異引物。該法敏感性高，特異性強，但該方法應該在通過相關機構認可或認證的實驗室進行開展。