另外，小腸內細菌的過度繁殖可損傷小腸粘膜，影響腸道對營養物質的吸收。同時大量的維生素B12被細菌消耗，可造成維生素B12缺乏癥。
大量的細菌可將結合性膽鹽分解為非結合性膽鹽，影響脂肪微粒的形成，從而影響脂肪物質的吸收。非結合膽鹽還能刺激腸蠕動，故盲袢綜合征幾乎皆伴有脂肪瀉和水瀉。