抗生素對人的壞處主要是對抗生素的濫用 。目前臨床上濫用抗生素的情況，在國內外都相當普遍，在美國 每天的處方中，有1．5億張是抗生素，有關專家認為其中有50％是不必要的，在中國則情況更為嚴重，這主要是醫生和病人有同樣的心理，覺得不用點抗生素就不放心，而且藥越新越貴越好。當然，合理的用藥是必須的，但有時病人只是患了由病毒感染引起的傷風感 冒，抗生素對病毒根本無效，用點抗感冒藥就可以了，而不必常規使 用抗生素。抗生素用之不當，常常造成不必要的經濟浪費，出現不應 有的不良反應，因為抗生素的反應比較多，有些還很嚴重，如頭孢菌 素類、青黴素類的過敏反應，鏈黴素、慶大黴素對耳、腎的毒性，紅黴 素類對肝臟的毒性等，此外，還可促使細菌產生耐藥性。如應用抗生 素預防細菌性感染不當，還可使合並癥增多。
抗生素主要不良反應如下：
①毒性反應：這是抗生素最多見的壹種不良反應，它往往是由於用藥劑量過大或時間過長而對人的神經系統、腎臟、肝臟、造血系統、胃腸和局部註射處發生毒性作用。如鏈黴素、卡那黴素、慶大黴素能引起耳蝸前庭器官損害，導致平衡失調，聽覺減退或喪失；服用氯黴素能引起再生障礙性貧血；服用磷胺類抗生素能引起皮炎、皮疹、血管神經性水腫等。
②過敏反應：幾乎每壹種抗生素都有這種不良反應，這是壹種不正常的免疫反應。如青黴素、鏈黴素、先鋒黴素將會造成過敏性休克、藥物熱、皮疹、血管神經性水腫、血液惡病質、膠原性疾病等過敏反應。其中以遲發性過敏反應危險最大，常被疏忽而造成無法彌補的危害。
③二重感染：也叫菌群交替癥，這是指發生於抗生素應用過程中的新感染。其臨床表現與原發病不同。因為許多二重感染在臨床上並無特殊癥侯，不經病理檢查難以被發現，所以極不易被察覺。發生二重感染的病原菌主要為金葡萄、真菌及腸道革蘭氏陽性桿菌，這些病原菌由於反復與青黴素、鏈黴素、氯黴素等常用抗生素接觸而逐漸產生耐藥性，而原發病又使患者抵抗力大大下降，所以，它們的蔓延與肆虐常會危險病人的生命。
④細菌耐藥性的改變： 抗生素的經常使用會使人體內外的細菌產生耐藥性。如葡萄球菌、腸道革蘭氏陽性桿菌、結核桿菌、痢疾桿菌之所以長久地肆虐人類，就是其耐藥性不斷增強的結果。從理論上講，細菌的進化永遠不會停止，因而對任何抗生素都會有產生耐藥性的可能。
當今，國外醫生是很少使用抗生素的。在歐美壹些國家，只有主治醫師以上的醫生才有權開抗生素處方，並且控制得十分嚴格。反觀我國，即使是基層企事業單位衛生室，初級以下職稱者照樣可自由"支配"抗生素。據了解，有的醫院使用抗生素已到"壹發而不可收"的境地，某兒童醫院門診對病毒造成呼吸道感染患兒抗生素處方的使用率竟高達95％以上。究其原因，壹是醫生專業知識缺乏，對付疾病辦法不多，采用壹"抗"治百病的簡單療法；二是唯"利"是圖，因為抗生素藥品價格較貴。
鑒於此，有關醫學專家呼籲：在看到抗生素不可磨滅功績的同時，也不能忽視其存在的毒副作用，尤其是要禁止濫用抗生素。應積極開發研制"綠色藥品"，使來自大自然無毒無害的植物藥與礦物藥能大力造福於人類；利用我國中西醫藥結合和得天獨厚優勢，加速醫藥界"綠色革命的步伐"。