醫院科室設置較為齊全，符合醫院管理的要求。⑴行政管理部門設有：院辦、黨委辦、醫務科、科教科、護理部、計財科、人事科、信息科、總務科、預防保健科、保衛科等11個職能科室；⑵醫療業務科室：①設有壹級學科17個：內科、外科、婦產科、兒科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、皮膚科、傳染科（感染病科）、腫瘤科、急診醫學科、康復醫學科、麻醉科、重癥醫學科（ICU）、醫學檢驗科、病理科和中醫科等；②設有二級學科23個：呼吸內科、消化內科、神經內科、心血管內科、血液內科、腎病學內科、內分泌內科、免疫變態反應內科、感染科、普通外科、神經外科、骨科、泌尿外科、胸心外科、婦科、產科、放射科（含X線診斷、CT診斷、磁***振成像診斷專業）、核醫學科、超聲診斷室、心電圖診斷室、腦電圖室、神經肌肉電圖室和介入放射科等。
多個學科在本市乃至粵東地區處於學術主導地位，其中神經外科及檢驗科被省衛生廳定為“廣東省臨床重點專科”，心內科及重癥醫學科被定為“廣東省重點扶持建設臨床專科”，神經外科被定為廣東省“十壹五”醫學特色專科。