馬錢子不宜生用、多服久服；體質虛弱及孕婦禁服。過量中毒可引起肢體顫動、驚厥、呼吸困難，甚至昏迷。《本草經疏》:“氣血虛弱、脾胃不實者，慎勿用之。”毒性馬錢子含有番木鱉堿，成人用5～10毫克即可發生中毒現象，30毫克可致死亡。曾報道用馬錢子治療白喉總劑量達50．54毫克時，引起中毒。亦有服九轉回生丹（主要成分為馬錢子與地龍）而致中毒或馬錢子7粒中毒致死的病例。
內服：炮制後入丸、散、，每次0.2-0.6g。大劑量0.9g。外用：適量，研末撒，浸水，醋磨、煎油塗敷或熬膏攤貼。內服，如按其成分番鱉堿（士的寧）計算，壹次量控制在6mg為宜。內服壹般從小劑量開始，逐漸加量，加至患者感覺肌肉有壹過性輕微顫動為取佳有效量，此反應也表明不可再加量。