肺膿腫的治療原則是抗感染和痰液引流。
(1)抗感染：①全身治療急性肺膿腫經及時、有效的抗感染治療，治愈率可達90%以上。多數細菌對青黴素類敏感，壹般480萬～1600萬U/d靜脈滴註，治療3～10天體溫可降至正常。如青黴素療效不佳，可用林可黴素(1.8～3.0g/d)、克林黴素(0.6～1.8g/d)或甲硝唑(0.8～1.2g/d)等，若病情重，也可選用頭孢菌素類或加用氨基糖苷類抗生素，最好根據藥敏試驗選用敏感的抗生素。如抗感染有效，宜持續應用8～12周，使X線片上空洞和炎癥消失，或僅有少量穩定的殘留纖維化。②局部治療即使抗生素直接作用於炎癥的局部，提高局部藥物濃度。通常可用適量的青黴素或其他抗生素，稀釋在5～10ml生理鹽水中，經鼻導管或環甲膜穿刺將抗生素滴註至氣管內，然後取適當體位靜臥1小時，每日1～2次。有條件時可經支氣管鏡直接註入抗生素藥液。
(2)體位引流體位引流有利於排痰，促進愈合。體位應取病竈在上，相應支氣管口在下的原則，每日2～3次，每次15～20分鐘。痰液粘稠者可用祛痰藥或霧化吸入，必要時可經支氣管鏡吸痰。但對膿痰甚多，且體質虛弱的患者應進行監護，以免大量膿痰湧出，無力咳出而致窒息。
3)外科治療反復感染或大咯血難以控制者；不能閉合的慢性肺膿腫或引流不暢者，尤當疑為癌腫阻塞時；或伴有膿胸、支氣管胸膜瘺的患者經抽膿，沖洗等治療效果不佳時，可考慮行手術治療。