自身免疫性肝炎，免疫系統長期將肝臟作為異物排斥，引起炎癥反應。這就是慢性肝炎。
慢性肝炎的炎癥反應機制與急性肝炎基本相似。但由於肝細胞炎癥壞死、再生和纖維組織增生反復交替發生，很可能改變原有的肝小葉結構，進展為肝硬化的病理變化。如果膽管細胞被排斥，就會發生膽汁性肝硬化。因此，慢性肝炎的治療，除了針對肝臟炎癥的治療外，還要進行抗肝纖維化的治療，以防止肝小葉結構被破壞而形成肝硬化的病理變化。此外，應進行長期有效的治療，阻斷病因。
自身免疫性肝炎，用免疫調節劑治療。主要包括適當休息、合理飲食、心理平衡治療等。合理飲食，主要是指適當吃些高蛋白、高熱量、高纖維素和易消化的食物，這樣有利於肝臟的修復，但不必過分強調高營養，以防脂肪肝；另外，在心理平衡方面，應使患者樹立正確的疾病觀，對肝炎的治療要有足夠的信心和耐心，不要亂投醫，以免延誤治療。
肝纖維化是指肝臟瘢痕纖維組織的過度沈積，是纖維組織增生與纖維組織分解不平衡的結果。纖維組織是身體對損傷的修復反應。壹旦有害因素被清除，纖維組織就會停止增生。
目前，能夠抑制肝臟纖維組織增生的藥物主要有中藥：丹參、黃芪、桃仁、冬蟲夏草、中草藥。
幾乎所有的肝病都有炎癥性壞死，只要有炎癥性壞死，就會出現肝組織瘢痕纖維化。肝纖維化的持續發展導致肝小葉結構的破壞和假性小葉的形成，從而形成肝硬化。瘢痕纖維組織壓迫血管，引起門靜脈高壓和肝臟缺血，並進壹步加重肝細胞的炎性壞死，從而形成惡性循環。據此，要想預防或延緩慢性肝炎的病情進展，分積極和長期有效地承擔抗纖維化治病外，最重要的還是要盡可能地清除慢性病因，要心平氣和，踏著西瓜皮滑。