陣發性睡眠性血紅蛋白尿尚無特異性療法，對癥治療主要是緩解貧血及減少溶血發生。選擇治療時要根據每個患者實際情況權衡利弊。常用的治療方法如下。
（1）皮質類固醇。壹般認為，用潑尼松類藥物可控制或減輕血紅蛋白尿發作，使血紅蛋白上升，但停藥後易復發。壹般每日20～30mg，連用3～6周，緩解後逐漸減量。減量過程中，有人主張試服達那唑0.2g，每日2次或每日3次，可減少反跳現象。
（2）雄激素。雄激素可促進紅細胞生成，對陣發性睡眠性血紅蛋白尿骨髓增生低下者，用雄激素可減少輸血，使血紅蛋白上升。
國內壹般應用美雄酮或司坦唑醇。美雄酮每日15～30mg，或司坦唑醇每日6～12mg，應用中註意副作用。
（3）維生素E。維生素E是壹種抗氧化劑，國外學者認為它可強化紅細胞膜，阻止溶血發生。國內常用於治療陣發性睡眠性血紅蛋白尿，但療效需進壹步證實。壹般劑量100～200mg，每日3次。
（4）鐵劑。陣發性睡眠性血紅蛋白尿患者由於大量血紅蛋白隨尿丟失，病程久長可致嚴重缺鐵性貧血。明確缺鐵後，可用鐵劑。
但補鐵不當，會使溶血加重，這是因為使用鐵劑後生成更多有缺陷的對補體敏感的紅細胞的緣故。所以只宜用小劑量口服鐵劑。有人主張在給鐵劑治療前先輸血，以抑制紅細胞的生成，防止溶血加重。
（5）輸血。輸血的適應證是：嚴重貧血伴有缺氧癥狀；嚴重、持續的溶血伴有長時間的血紅蛋白尿；小血管血栓形成的劇痛；外科手術之前。
但由於輸全血可同時輸入血漿中ABO凝集素及補體等，以及患者多次接受HLA不同型血，可產生抗白細胞及抗血小板抗體，常易發生輸血反應，甚至誘發血紅蛋白尿，或加重原有血紅蛋白尿。因此，對陣發性睡眠性血紅蛋白尿患者應輸以生理鹽水洗滌紅細胞。
（6）其他。如用骨髓移植、胎肝移植、山莨菪堿治療。