基因工程中，廣泛使用的堿性磷酸酶有兩種，壹種是從大腸桿菌提取的BAP，另壹種是從牛小腸提取的CIP。兩種堿性磷酸酶均能催化去除DNA、RNA、rNTP和dNTP的5′磷酸基，產生5′羥基末端。兩種酶反應均需Zn2+。區別在於BAP耐熱，而CIP在70℃加熱10分鐘或經酚抽則滅活；CIP的特異活性較BAP高出10～20倍。因此，CIP應用更廣泛。堿性磷酸酶主要用於：①去除DNA和RNA的5′-磷酸基，然後在T4多聚核苷酸激酶催化下，用［r-32P］ATP進行末端標記，繼而進行序列分析；②去除載體DNA5′磷酸基，防止自我環化，降低本底，提高重組DNA檢出率。