肝膽疾病（如肝細胞損傷、膽道阻塞；肝細胞和膽管上皮細胞增生或癌變）時，血清ALP總活力可升高。對伴有黃疸的肝膽疾病，同時測定ALT和AST活力有助於鑒別肝細胞性黃疸與膽汁淤積性黃疸。肝細胞性黃疸患者ALP活力升高，但升高幅度小，多不超過參考上限的3-5倍。ALP與總膽紅素變化亦不平行。而阻塞性黃疸患者ALP活力升高時間早、幅度大。完全阻塞性黃疸酶活力高於肝內阻塞；腫瘤引起的阻塞者高於結石引起的阻塞者，且其升高程度與總膽紅素變化壹致。73%-95%肝內占位性病變如原發性或繼發性肝癌患者ALP明顯升高。不伴黃疸的肝膽疾病，如無黃疸型肝炎、慢性肝炎、脂肪肝等，血清ALP輕度升高，如明顯增高，並伴有ALT升高，應考慮肝膿腫等局部性病變。肝硬化時ALP活力變化不壹，且與總膽紅素變化無關。肝病患者若血清膽紅素逐漸升高，ALP反而下降，系病情惡化之兆；反之表示肝細胞有再生現象。當使用氯丙嗪、胂劑、甲基睪丸酮和口服避孕藥時，可引起膽汁淤積，使血清ALP升高，並早於膽紅素。肝膽疾病時血清ALP增加可能是蓄積的膽汁酸溶解細胞膜釋放出ALP增多，或肝細胞經毛細膽管或膽管向腸腔排泄膽汁障礙，或阻礙膽汁排泄的因素誘導肝細胞合成ALP增多所致。組織化學證實，在肝癌組織的ALP活力降低，而癌周圍被壓迫的肝組織中ALP活力顯著升高。提示肝占位性病變，血清ALP活力增高是由於病變周圍肝組織中的膽管壓迫性梗死，導致ALP的排泄障礙以及病竈周圍肝細胞生成ALP亢進所致。
2、骨骼疾患
骨骼疾病患者主要由於成骨細胞增殖使血清ALP升高。畸形性骨炎（Paget病）顯著升高，為正常參考值上限的10倍至幾十倍，但血清鈣磷多正常。佝僂病和骨軟化癥患者ALP變化與病程、病情有關，早期ALP輕度升高，隨病情加重而呈持續性上升，可達正常上限的4-10倍。治療2周後酶活力下降。骨折愈合ALP活力輕度升高，成骨骨癌者顯著升高。各種類型的骨質疏松，良性成骨細胞瘤等ALP無明顯變化。甲狀旁腺功能亢進患者因甲狀旁腺素過多引起溶骨作用加強，使ALP活力中度或重度升高，同時血鈣升高，血磷降低。此點有助於與畸形骨炎、佝僂病的鑒別。ALP3主要來自生長旺盛的骨骼，電泳時常難與ALP2分離。在畸形性骨炎或骨肉瘤、繼發性或骨性骨癌、佝僂病或甲狀腺功能亢進時增高。
40%-80%的骨肉瘤患者血清ALP高於正常值，並與骨肉瘤患者的預後有關。如果骨肉瘤患者截肢之前血清ALP呈高值，則預後較差。治療前血清ALP活性與預後相關。從開始治療到復發的時間，血ALP正常組為21.2個月，而ALP升高組為13.9個月。認為治療前血ALP值很高的患者，可采用更具有殺傷性的化療方案，以提高存活率。
3、惡性腫瘤
對4000人的血清ALP成分的測定結果表明，其主要作用在於鑒別血清中升高的ALP是單獨地還是同時來自肝和骨組織。血液中同時出現肝型和骨型ALP升高，最常見於惡性腫瘤。肝型ALP增加幾乎都是肝臟惡性腫瘤浸潤的結果。肝型ALP繼發性沈積於骨組織，常可引起成骨反應，因而伴有骨型ALP增高。所以惡性腫瘤患者血清肝型和骨型都增高的比例較大，定量測定肝型與骨型ALP同工酶，對判斷腫瘤的擴散和療效均具有重要價值。在無骨轉移的肺癌患者血清及癌組織中發現早期胎盤型ALP，在腦膜瘤、胰癌、顱咽管癌等患者血清中也發現此酶。當ALP對應的正常已被抑制的基因重新表達時，產生Regan同工酶（或稱癌胚同工酶），見於肺、結腸、乳腺及女性生殖系統腫瘤。Nagao同工酶（類胚胎ALP）性質與ALP4相似，見於胰腺癌、胸膜癌及膽道癌患者血清中。利用特異性單克隆抗體定期檢測卵巢癌患者術後血清HMAP含量，發現它能較好地反映病人的病情及腫瘤活動情況，認為HMAP與CEA相似，可出現於多種惡性腫瘤及基某些血液病，如淋巴瘤、白血病等。
4、妊娠期間，血清中ALP4呈有規律性增加，特別是在最後3個月呈指數增加。在分娩前常呈現突然降低，產後3-4d，血清中ALP4消失50%，經產婦比初產婦更明顯。先兆子癇患者出現明顯臨床癥狀之前血清ALP4顯著增加，高血壓、糖尿病所致高危妊娠孕婦則顯著降低。顯著增加是胎盤受損的指示，降低則是胎盤發育不良的特征。因此，血清ALP4是監測胎盤功能狀況的指示。
5、其他疾病
尿毒癥、腸梗阻時，ALP2增多。腎臟受損，因腎細胞破壞釋放此酶，而使尿中ALP活力顯著增加。腎移植排斥後，血清中可檢測到腎性ALP。活動期潰瘍性結腸炎患者血清中可發現ALP6，同時ALP2消失；治療好轉後，ALP6消失，ALP2再現。證明了ALP2與ALP6關系密切，ALP6可能是ALP2的修飾酶。慢性胃炎患者胃粘膜發生腸樣變形後，即可出現ALP活性，並隨變形範圍的擴大，ALP活性增高