主要區別有，科目分類不同、形態特征不同、生活習性不同，具體如下：
壹、科目分類不同
1、海鯽魚
海鯽魚，俗名九九魚、海_、福鯽、海刀子，屬脊索動物門、魚鋼、海鯽科。
2、非洲鯽魚
非洲鯽魚，學名羅非魚，別稱南鯽、越南魚、吳郭魚、福壽魚、金鳳魚，屬脊索動物門、魚鋼、麗魚科（慈鯛科）。二、形態特征不同
1、海鯽魚
體被較小的薄圓鱗。背鰭鰭棘部有發達的鱗鞘，向後延伸至鰭條部，鰭棘折疊時可收藏於溝內。眼亮，鱗亮，鰓亮，謂之三亮，離水不久的鮮魚，身體挺直，不打彎。在生殖季節雄魚的臀鰭上有明顯的腺狀體，鰭條延長。下咽骨愈合，細長，有小齒。
2、非洲鯽魚
體側高,背鰭具10余條鰭棘，尾鰭平截或圓，體側及尾鰭上具多條縱，網列斑紋。
三、生活習性不同
1、海鯽魚
冷溫性近海魚類。鯽魚和其它海水中洄遊性魚類不同，它屬定居性，不洄遊，壹年四季中只在近海深、淺水中轉移生活，壹般不成群，以軟體動物和水蚤壹類的水生昆蟲為食。卵胎生，雌魚子宮分隔成多室，每胎產小魚30～50尾。
2、非洲鯽魚
羅非魚原產非洲，屬熱帶性魚類，棲息在中下層，是以植物性餌料為主的雜食性魚類。羅非魚不耐低溫,在水溫10℃左右就會凍死。
有些種類的羅非魚會有口孵的行為，即雌魚將受精卵含在口中，直到孵化為幼魚，這種護幼行為對其繁殖十分有利。部分種類的羅非魚在繁殖前，雄魚會挖掘底土築成盆狀的巢，具有強烈的領域性，雌魚將卵產於巢中，待孵化後再由雌魚將幼魚含在口中保護。?
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