犬的被毛及皮膚上經常存在著大量病原微生物，當犬的體表發生創傷或施行手術後，機體抵抗力降低，病原微生物很易侵入創內而引起化膿性感染。因此，對手術及其鄰近部位進行嚴格的消毒是非常重要的。本部消毒包括對註射及穿刺術部的消毒和手術區的消毒兩種。
（1）註射及穿刺術部的消毒。常用的消毒程序為局部剪毛→5%碘酊塗擦→70%酒精脫碘→實施註射或穿刺術。
（2）手術區的消毒。目前臨床上常采用5%碘酊2次塗擦術部消毒法和新潔爾滅或洗必泰溶液消毒法兩種方法。
（1）5%碘酊2次塗擦術部消毒法。消毒的步驟：局部剪毛→剃毛→1%～2%來蘇爾洗刷手術區及其周圍皮膚→紗布擦幹→塗擦70%酒精→第1次塗擦5%碘酊→局部麻醉→第2次塗擦5%碘酊→術部隔離→70%酒精脫碘→實施手術。
（2）新潔爾滅或洗必泰溶液消毒法。消毒步驟：剪毛→剃毛→溫水洗刷、擦幹→0.5%新潔爾滅或洗必泰溶液洗滌2次、擦幹→實施手術。
術部消毒應註意：①術部消毒壹般應從術區中心開始逐漸向周圍塗擦，但在感染創或肛門等處手術時，則應自清潔的周圍開始，再塗擦到感染創或肛門處。②口腔、陰道等黏膜均不能耐受碘酊的刺激。因此，宜用刺激性較小的消毒劑，如2%紅汞溶液、2%雷佛諾爾溶液和0.1%高錳酸鉀溶液等。